南京大学是中国大陆高校中最早将SCI的论文收录和被引用次数等作为评价院系、教授学者的研究质量水平，以及理科博士研究生教育质量重要指标的学校之一。这一决策对南京大学基础研究的发展和学校声誉的提高产生了积极作用，同时也带动了中国大陆其他高校基础研究的发展和质量的上升，为中国的SCI论文数排名的跃升作出了突出贡献。而这一评价体系被广泛应用，正因龚昌德的“敢为天下先”。1986年，时任南京大学物理系系主任的龚昌德率先提倡SCI评价体系，认为研究成果必须接受国际学术界的检验，必须得到国际学术界的认可。这一提议得到时任南京大学校长曲钦岳的支持。经历一系列波折与推广后，1992年的南京大学成为学术榜的一匹“黑马”，并在此后的7年中，实现“八连冠”，在全国高校和研究单位范围内掀起“南大风”。
　　年逾古稀之时，他又来到苏州大学与浙江师范大学开始新的奋斗。经龚昌德的悉心支持及一系列改革措施的落实，两校的物理学科均实现了跨越式的发展。
　　龔昌德对于硕博学生的培养，讲求多样化与独立性。学生是自由的，但这并不代表漫无目的的自由，学生的自由建立在独立思考的基础上。龚昌德并不会强制学生一定要研究与自己相符的方向，相反地，他鼓励学生拓展视角、发散思维，在感兴趣的领域发光发热。龚昌德认为一个好的老师，管多管少都不行，掌握好度才是塑才的关键。在晚年，龚昌德还经常前往中小学，为孩子们进行科学普及教育。