【摘 要】
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我们提出了一种新的基因可视化分析方法。该可视化方法基于元胞自动机(CA)原理,将RNA序列的一维信息转化为二维可视图谱;在将此方法应用到SARS RNA序列的分析中,可以发现SARS-CoV
【机 构】
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上海交通大学图像处理与模式识别研究所,上海交通大学生命科学院
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我们提出了一种新的基因可视化分析方法。该可视化方法基于元胞自动机(CA)原理,将RNA序列的一维信息转化为二维可视图谱;在将此方法应用到SARS RNA序列的分析中,可以发现SARS-CoV病毒不同于其他非SARS的冠状病毒的RNA序列可视特征;在此基础上,对得到的RNA特征序列进行片断提取,用片断可视化取代全序列可视化,并用主成分分析(PCA),支持向量机(SVM)等算法对RNA片断进行分析。结果证明,SARS-CoV的该类特征具有很好的模式可分性,与模式分析方法的结合则可以作为可视化的佐证,可以更充分
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