【摘 要】
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利用MISA(MicroSatellite)软件对山地虎耳草转录组拼接序列进行微卫星位点信息分析,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测提供候选序列。结果发现,在拼接得到的63 763条U
【机 构】
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中国科学院高山植物适应与进化重点实验室,中国科学院大学,青海省作物分子育种重点实验室
【基金项目】
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中国科学院“西部之光”人才培养引进计划;中国科学院青年创新促进会项目(2016378)~~
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利用MISA(MicroSatellite)软件对山地虎耳草转录组拼接序列进行微卫星位点信息分析,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测提供候选序列。结果发现,在拼接得到的63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00 kB出现一个SSR位点。山地虎耳草转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(55.50%),其次为二核苷酸重复(30.23%)。二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元分别为AG/TC和AAG/TTC。二核苷酸重复
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