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引物3′末端的碱基处于一个对引物延伸至关重要的位置。如果该碱基与模板不互补(错配),就可能阻碍引物延伸,在PCR(聚合酶链反应)产物中没有特异长度扩增带。反之,如果该碱基与模板互补,则有特异长度扩增带。作者将引起β地中海贫血的三种最常见突变碱基设计并合成在引物3′末端上,根据PCR产物是否出现特异长度扩增带即可作出模板DNA有无相应突变的判断,而无须任何杂交或酶解。这种PCR称之为3′碱基特异的PCR(3′BS PCR)。