目的:对比分析应用头孢吡肟和头孢他啶治疗呼吸系统细菌性感染的临床效果。方法:对2013年3月~2014年6月期间我院收治的62例由细菌感染引起的下呼吸道感染患者的临床资料进行回顾性分析。我院按照随机数表法将这62例患者分为对照组和观察组,在对照组中有30例患者,在观察组中有32例患者。我院对对照组患者使用头孢他啶进行治疗,对观察组患者使用头孢吡肟进行治疗,然后比较两组患者治疗的效果。结果:治疗结束后发现,头孢他啶与头孢吡肟对引起下呼吸道感染的细菌的敏感性大体相同,两组患者治疗的总有效率、痊愈的时间以及不良反应的发生率相比差异均不明显(P>0.05),无统计学意义。观察组患者细菌的清除率为90.2%,对照组患者细菌的清除率为79.3%,观察组患者细菌的清除率明显高于对照组患者,差异显著(P<0.05),具有统计学意义。结论:用头孢吡肟和头孢他啶治疗呼吸系统细菌性感染的临床效果均较好,且安全性均较高,但头孢吡肟对细菌的清除率更高,更值得在临床上推广应用。