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辣椒素是由辣椒果实产生的一组化合物,被广泛应用于许多领域,尤其是医药行业.辣椒素生物合成途径还没有被清楚地确定.为了解更多辣椒素生物合成的知识,我们对辣椒（Capsicum frutescensL.）胎座和果皮的混合材料进行了转录组测序.并使用不同的拼接软件对各拼接参数的影响进行了评估,最终获得了转录组数据de novo拼接的最佳策略之一.我们利用Trinity软件得到共54 045条高质量unigenes（转录物）.约92.65％的unigenes与马铃薯、番茄和辣椒（C.annuum）ESTs数据库公