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碳酸盐岩中有机质的多种赋存形式和碳酸盐岩对有机质特殊的催化作用，决定了碳酸盐岩特有的生烃机制和成烃模式，碳酸盐烃源岩的生烃过程分为早期的生物大分子解聚生烃阶段；中期的干酪根大量热降解生烃阶段；碳酸盐矿物包裹体有机质和晶包有机质在高演化阶段生烃三个主要阶段，是个多源复合，多阶段连续的生烃过程，而且与碎屑岩生烃比较，具有生油高峰和生气高峰滞后的现象。