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在多批次多数量的反舰导弹从多个方向对敌舰艇进行饱和攻击的决策过程中，如何选择出最优的航路组合是提高反舰导弹作战效能的关键问题。在综合分析反舰导弹航路选优问题的基础上，建立了导弹航路选择的优化模型，并针对导弹航路选优问题，对基本遗传算法进行了改进，提出了二层遗传算法。仿真分析了多火力单元多目标导弹攻击的航路组合优化问题，得出了有效的导弹攻击航路。通过验证，说明了二层遗传算法在导弹航路规划中的有效性。