分析北京2013至2014年手足口病流行期间肠道病毒的型别、流行趋势和临床特点，为手足口病的防治提供科学依据。
方法2013年4至9月和2014年3至10月，首都儿科研究所附属儿童医院感染门诊就诊患儿的咽拭子标本共977份，其中2013年初步诊断手足口病患儿标本147份；2014年初步诊断手足口病患儿标本343例，不典型手足口病患儿标本201份，疱疹性咽峡炎患儿标本83份，发热伴抽搐患儿标本25份，发热伴出疹患儿标本64份，皮疹待查患儿标本114份。采用实时荧光逆转录聚合酶链反应方法检测肠道病毒(EV)通用型，肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CA16)；采用巢式PCR方法对EV通用型阳性而非EV71和CA16的标本核酸进行VP1片段的扩增和测序分析以鉴定型别。分别比较不同年龄组、不同年份间肠道病毒的检出情况，分析其在两个年份的流行趋势。
结果977份标本总阳性率为80.1%(783/977)，其中CA16为25.6%(250/977)，EV71为18.9%(185/977)，CA6为20.0%(195/977)，CA10为5.0%(49/977)，CA4为1.5%(15/977)，其他EV为9.1%(89/977)，阴性19.9%(194/977)。2013年和2014年检出的各型别地方株同型间均具有较高的同源性，CA6的同源性为94.3%～100%，CA10的同源性为93.8%～99.1%，CA4的同源性为92.7%～99.8%。≤1岁年龄患儿肠道病毒总阳性率为71.1%(106/149)，低于其他年龄组(P均<0.05)，但与>5岁组相近(χ2＝1.181，P＝0.277)。2013年147例手足口病患儿标本中肠道病毒阳性率为85.7%(126/147)，CA6为优势型别占54.8%(69/126)，其次是CA16和EV71，分别为20.6%(26/126)和11.9%(15/126)。2014年343例手足口病患儿标本中肠道病毒阳性率为85.4%(293/343)，CA16和EV71成为主要型别，分别占42.7%(125/293)和38.2%(112/293)，而CA6仅占11.3%(33/293)。2014年不典型手足口病、疱疹性咽峡炎、发热伴抽搐、发热伴出疹和皮疹待查患儿标本的肠道病毒阳性率分别为83.6%(168/201)，80.7%(67/83)，76.0%(19/25)，64.1%(41/64)和60.5%(69/114)。各型肠道病毒的流行高峰主要集中在5至8月份，而每年各型肠道病毒的流行趋势却没有明显的规律。
结论北京地区引发儿童手足口病的肠道病毒，2013年CA6占据第一，2014年CA16和EV71再次成为主要型别；CA6、CA10和CA4等型别肠道病毒引发的临床症状与EV71和CA16引发的临床症状可能存在差异；除EV71和CA16外，也需要重视对CA6、CA10和CA4等其他型别肠道病毒的监测和研究。