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同种异体造血干细胞移植是治愈血液系统恶性肿瘤和其它多种疾病的重要手段,移植并发症是导致受者死亡的主要原因。受者长期使用免疫抑制剂、抗菌药物和其他化学治剂,可导致肠道菌群发生重大变化,极大地影响造血干细胞移植并发症的发生。本文从菌群多样性、细菌数量变化、细菌移位、基因改变和调节并发症相关免疫机制等方面,综述了肠道菌群失衡与同种异体造血干细胞移植并发症移植物抗宿主病和炎症感染发生、发展的密切关系;阐述了包括饮食、益生元、益生菌及抗生素和粪菌移植在内,多种肠道菌群保护策略对同种异体造血干细胞移植并发症的有效治疗