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基于目前我国各级重点学科评估中存在的“重视水平，忽视效率”的不足，本着“效率优先，兼顾公平”的目的，提出并讨论建立重点学科建设效率的评估指标体系，同时对评估指标可能具有的复杂属性，重点结合数据包络模型进行了相应对策分析；最后针对重点学科建设效率评估中不确定因素的存在，引入不确定数据包络，并建议超效率扩展，以获得学科建设效率水平的全排序。