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已有研究表明时程动力法中阻尼矩阵的确定对复杂结构工程的地震响应有明显的影响，而核电厂安全相关结构在抗震分析时通常采用时程动力法。为研究阻尼矩阵的选取对核电厂结构的地震响应的影响，从比例阻尼拟合的精度出发，基于结构不同振型对结构产生的影响程度入手，建立更为精确的结构阻尼模型，即等效比例阻尼，并进一步考虑结构自振特性以加权最小二乘法拟合确定等效比例阻尼系数，提出了核电厂结构地震响应分析相应的计算方法。计算结果表明，该方法较传统比例阻尼的方法更接近精确解，是核电工程抗震分析的一个实用参考应用。