1911年2月，京师大学堂总监刘廷琛向清廷上了一份奏折，严辞厉色地写道：
　　“法律馆所修新律，不但刑律不合吾国礼俗，即将上奏之民律稿本，亦显违父子之名分，溃男女之大防。新律既导人不孝，又导人败节，如若颁布施行，将使天理民彝澌灭寝尽，乱臣贼子接踵而起。
　　“法律大臣离经叛道，置本国之风俗于不问，专取欧美平等之法。恳请朝廷再定国是。不问新律可行不可行，先论礼教可废不可废。断不容法律馆阳奉朝廷尊崇礼教之旨，而阴破纲常自行其是；天命未改，岂容抗命之臣。该大臣倘再行拒改，即重治以违旨之罪。”
　　这份奏折弹劾的对象，正是奉旨担任修律大臣的沈家本。当年1月，清廷颁行了争讼数年的《大清新刑律》，引起了刘廷琛的不满。这部法律抛弃了旧律诸法合体的编纂形式，以罪名和刑法等专属刑法范畴的条文作为刑法典的唯一内容；在体例上，抛弃了旧律的结构形式，将法典分为总则和分则；确立了新刑罚制度，规定刑法分主刑、从刑，其中，主刑包括死刑、无期徒刑、有期徒刑、拘役、罚金。
　　总体而言，《大清新刑律》初步完成了中国刑法的近代化。从1902年开始，沈家本以刑部“当家堂官”之职担任修订法律大臣，先后制定出《大清商律草案》《刑事民事诉讼法草案》《法院编制法》《违警律》《大清新刑律》《大清新民律草案》等新法，以其特有的“会通中西”理念，革新了中国千年以来的法律传统，不可避免地与保守势力发生冲突，先后有“礼法之争”“部院之争”，终于不可调和。
　　就在刘廷琛上奏的次月，清廷免去了沈家本资政院副总裁与修律大臣的职务，命其回任法部左侍郎，实则是削去权柄、保留待遇。
　　此时的沈家本已年满71岁。自62岁开始，他主持清廷修律工作已近十年，步步为营而成绩斐然。
　　百年后回望，刘廷琛奏折中的“天命未改”一语，既昧于时局，不见“千年未遇之大变局”，对洋务运动、戊戌变法、预备立宪等清廷一系列历史事件视而不见，又拒绝向前看，不知西风东渐之门已开，形势已无可改回。
　　就在当年，辛亥革命发生，清帝逊位，天命改元。
　　回顾清末变法，宪政议而不立，唯有沈家本主持的修律工作由于持重有力，不仅仅更新法制，废除酷刑、减少死刑，而且引进了律师、陪审团等一系列司法制度，为民国所继承。但他所提出的“司法独立”等目标，至今仍未能实现。
　　革故鼎新
　　沈家本受命担任修订法律大臣，得到时任直隶总督袁世凯、两江总督刘坤一和湖广总督张之洞三位汉族权臣的联衔推荐。光绪二十八年，也就是1902年2月，刚刚从败给八国联军后喘过气的清廷下诏修律，并“责成袁世凯、刘坤一、张之洞慎选熟悉中西律例者，保送数员来京，听候简派，开馆纂修”。
　　担任刑部左侍郎的沈家本出生于鸦片战争发生的1840年，时年62岁，已在刑部工作30余年，“以律鸣于时”，是公认的旧律专家，不折不扣的技术官僚。由于业务专精，他在刑部是“当家堂官”，相当于实际主持业务的“常务副部长”。
　　尽管是知名技术官僚，但在受荐之前，沈家本基本上默默无闻，人生波澜不惊，不过是久在刑曹的一名老官吏而已。这次历史机会彻底将其人生划为截然不同的两段。张之洞等三人的推荐，原本是看中其老成持重。他们不会想到，这名老官僚主持的修律工作，远远超出了他们的想象和接受范围。
　　当年4月，朝廷下旨：“著派沈家本、伍廷芳，将一切现行律例，按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订。”伍廷芳是著名律师和外交官，曾为李鸿章所赏识。清廷改刑部律例馆为修订法律馆，翻译西方法律，删定中国法律，由沈伍二人主持。
　　“以律鸣于时”的沈家本，深知旧中国法律弊病：在立法上，自《唐律》以来一脉相承，改动颇少，刑民不分，酷刑极多；在司法上，完全依附于行政权力，地方官员往往随意执法判案，连大清律例也不能遵守。比如，为了应付太平天国，清廷赋予了地方督抚对强盗案件“就地正法”权力，此后愈加扩大，连不是强盗案件的，也往往被这些封疆大吏“就地正法”，中央司法权则愈来愈弱。
　　有鉴于此，光绪三十一年3月，沈家本和伍廷芳向朝廷上《删除律例内重法折》，要求废除凌迟、枭首、戮尸、缘坐和刺字等重刑。
　　此外，沈家本和伍廷芳还试图禁止滥用刑讯逼供。1901年，刘坤一和张之洞联衔的“江楚会奏变法三折”就明确建议“恤刑狱”，也就是慎重用刑，不滥用刑讯。四年后，1905年，沈家本和伍廷芳奏请朝廷，审案时除罪犯应判处死刑、证据确凿而不肯供认者可以适当刑讯外，凡初次受到审讯的案犯及流徒以下罪名的案犯，一律不准刑讯。
　　由于重臣倡导在前，慈禧和光绪批示研究在后，此议很快就得到允许。但刑讯逼供在中国是一项悠久的司法传统，这一奏折虽受准许，实践中却几乎无一照办。事实上，即使百年之后，时至今日，刑讯逼供仍然困扰着中国司法界。
　　此外，从1902年到1906年四年间，沈家本削减了死罪数目，实现了唯一死刑（将多种死刑方式统一为一种），删除奴婢律例，统一满汉法律，改革秋审制度，增加现代条款如变造货币罪等。
　　这些修律活动主要是废除旧法中不合时宜的部分，在旧法的基础上删定修改。虽然屡屡遭到物议，比如要求废除有条件刑讯后，御史刘彭年就上书认为，必须要等到裁判诉讼各法齐备以后，才能禁止刑讯，否则必然会导致积累案件，经年不结。即便如此，沈家本等仍然连续要求改笞杖为罚金或者做工，也为朝廷批准。
　　这是因为，此时的修律仍然不出传统律例的框架，并未另立新篇，尤其是没有超出“江楚会奏变法三折”，能为权臣们接受。

礼法之争

　　1906年4月上奏的《刑事民事诉讼法草案》，是清末修律活动的分水岭。
　　在这一年之前，沈家本和伍廷芳的修律活动由于没有超出“中体”范围，推行相对顺利。但《刑事民事诉讼法草案》改变了这个基调。在这个庞大帝国的司法传统中，素来重视实体法而轻视程序法，重视刑法而轻视民法，将司法权作为行政权的一部分而不是独立的权力，这都意味着“诉讼程序”在中国并无现实根基。 　　或与伍廷芳有关，《刑事民事诉讼法草案》受到英美法系影响颇深，引入了陪审员制度和律师制度，分别规定了刑事案件和民事案件不同的司法程序。对于大清官员而言，这些都是“无中生有”，与传统大大违背，曾一直支持沈家本修律的张之洞，这次则站在了他的对立面。
　　争议的核心即“礼法之争”。讲究“中学为体，西学为用”的张之洞，认为这部草案“非特大碍民情风俗，且于法律原理枘凿不合”，不合于政教大纲。他更直接地批评，妄图借此收回领事裁判权痴人妄想。他说，近年来与英美日订立商约，“彼国虽允他日弃其治外法权，然已失之法权，不能仅恃本法为挽救，其理甚明。所谓‘一切相关事宜皆臻妥善’十字，包括甚广，其外貌则似指警察完备，盗风敛，税捐平允，民教相安等事，其实则专视国家兵力之强弱，战守之成效以为从违”。
　　袁世凯认为：“新纂刑事民事诉讼法，请饬再议。”此外，慈禧的宠臣岑春煊也明确表示反对。该法案最终被搁置。
　　伍廷芳自此一走了之，清廷下旨“刑部右侍郎伍廷芳，赏假修坟”。
　　第二年，缘因《大清新刑律草案》，沈家本和张之洞之间的矛盾进一步激化，差点被后者送进监狱。
　　1907年12月，军机大臣兼管学部（相当于教育部）的张之洞看到由宪政编查馆转达的《大清新刑律草案》，见其中“内乱罪不处唯一死刑，指为袒护革党，欲兴大狱”，为学部侍郎宝熙阻止，沈家本才得以幸免。
　　此时的《大清新刑律草案》是由沈家本主持的法律修订馆历时三年制定，在日本专家的帮助下，共二编53章387条，一改千年以来诸法合体、六部分类、民刑不分的传统，通过更定刑名、酌减死刑、死刑唯一、删除附比和惩治教育等五个方面，力促清廷的法律近代化。
　　具体而言，这部法律对旧律中纯属民事、商事的条款予以分出，不再处刑；对旧律所规定的到外地服刑的徒刑和流刑，一般改在当地服刑；对凌迟、枭首、戮尸等酷刑予以废除，规定死刑只有绞刑和斩刑两种，同时，废除了缘坐之法和刺字之法；对旧律中禁止同姓为婚、良贱为婚等过时的条文予以废除，增加了有关毁坏铁路罪、毁坏电讯罪等条文。
　　更为重要的是，在刑法原则方面，这部草案采用了现今常见的罪刑法定主义，将“比附”（就是法律没有规定，官员可以类推解释来判刑）删除。一些前所未有的制度也出现在这部法律中，比如法律面前人人平等及缓刑、假释、正当防卫等。
　　由于张之洞等权臣的反对，直到三年多以后，1911年1月，这部法律的修订版才由清廷颁行。此前，张之洞已于1909年病卒。
　　不过，大清新刑律的颁行最后还是终结了沈家本的修律大臣生涯，未几清朝覆灭，大清新刑律也退出了历史舞台。

部院之争

　　在此之前，光绪三十二年，亦即沈家本和伍廷芳炮制出《刑事民事诉讼法草案》的同年7月，清廷宣布预备立宪，改革官制，沈家本随后被任命为大理院正卿。大理院由大理寺改制而来，专门负责裁判事务，相当于近代的最高法院，沈家本也相当于最高法院院长。
　　不过，此后大理寺和刑部之间发生“部院之争”，惊动朝野。在这场争论背后，“司法独立”问题在官制改革的掩护下浮出水面，迄今仍无定论。
　　根据清廷的中央官制改革方案，刑部改为法部，掌握司法大权；大理寺改为大理院，专任审判，并由法部监督。刑部左侍郎沈家本调任大理寺正卿，法部尚书由出洋考察过的戴鸿慈担任。
　　此时，“司法权”“审判权”“司法行政权”等概念并不清晰，因此大理院和法部的权力边界也很模糊，为二者之间的争端埋下伏笔。
　　1906年底，沈家本上奏《审判权限厘定办法折》和《大理院审判编制法》，要求建立四级三审制审判体制，并规定：“自大理院以下及本院直辖各审判厅司，关于司法裁判，全不受行政衙门干涉，以重国家司法独立之权，而保人民身体财产。”
　　“司法独立”四字，今日读来仍然触目惊心。沈家本为扩大大理院权限，甚至规定地方审判机关的人事，也由大理院来决定。大理院虽然名义上是最高审判机关，但实际上低于法部，其正卿级别与法部侍郎相当。不过，此后由户部改制而来的度支部议定，法部每年经费6万两，竟低于大理院的8万两。
　　如此强势终遭反击。次年5月，法部向清廷上《酌拟司法权限缮单呈览折》，按照强势法部的想法对于司法权和审判权进行了划分。其中规定：大理院自定死刑案件，由法部核定；地方死刑案件，也由法部核定；各地审判庭官员以及检察厅人事，由法部主稿会同大理院具奏。
　　这意味着，法部除了有死刑案件复核权外，还有审判和检察系统的人事任命权。
　　当时，清廷对于“部院”权限也不甚了了，先后照准了大理院和法部前后矛盾的要求，由此激化了大理院和法部的矛盾。沈家本因此再度上奏，要求“裁判独立”，驳斥法部要求，仅仅部分承认法部的重大案件复核权，至于人事和其他案件，一律以司法独立为由拒绝。
　　“部院之争”最终以大理寺正卿沈家本和法部右侍郎张仁黼互调职位而告终。最终法部仍然基本取得了对于大理院的案件复核权、人事任免权。
　　未曾设想，在这场争论中，沈家本反复提及的“司法独立”问题，则余响不绝，成为中国改革百余年来的痛处。
　　争论之中，沈家本在奏折中写道：“以法部专任司法，大理院专掌审判，此司法独立之朕兆，制定宪法之权舆。”又说，“西国司法独立，无论何人皆不能干涉裁判之事，虽以君主之命，总统之权，但有赦免而无改正。”
　　在他看来，中国以行政官兼任司法，其害处有四点：第一是行政官没有法律知识；第二是容易为墨吏操控发生腐败；第三是层层牵制，即便发生冤案，也没办法改正；第四是司法体制不同，是外国领事裁判权的原因。司法不独立，就不可能收回领事裁判权。

会通中西

　　领事裁判权，正是慈禧的痛处所在。
　　清末的这场修律运动，既肇因于西方的压力，又是试图更新中国制度使之现代化的努力。从过程来看，可分为1902年到1906年，以及1906年到1911年两个阶段。
　　1902年，慈禧下旨修律，最大的动因是要收回“领事裁判权”。
　　当时英美在上海、日本在辽东、德国在山东半岛，纷纷取得领事裁判权，即涉及外国的法律争端，由其领事依其本国法律处理，而不按照中国法律。这是对于主权的严重破坏，清政府痛恨无比又无可奈何。
　　外国人取得领事裁判权的主要借口，是中国法律不开化，并往往声明一旦法律文明，则可以还回裁判权。如1902年9月订立的《中英续订通商航海条约》第12条规定：“中国深愿整顿本国律例以期与各国律例改同一律。英国允愿尽力帮助中国以成此举。一俟查悉中国律例情形，审断办法及一切相关事宜皆臻妥善，即允弃其治外法权。”
　　此后，沈家本每每变更立法之时，都以收回领事裁判权为落脚点，如上所述论述司法独立的必要性时，也以此为由以动上意。
　　此外，沈家本为了说服朝廷，即便内容和材料来自西洋和日本，也往往从中国之事说起，以古会西，颇有康有为托古改制的风格。比如论述司法独立时，会说这原是中国古代的智慧；比如说以罪行宣判刑罚，就和周代的读书用法，汉代的读鞠，唐代的宣告罪犯状等一样；再比如称根据周制，大司徒和大司寇各自执掌行政权和司法权，分工明确，也有司法独立之意。
　　这种北京大学李贵连教授称为“西政中源”的论证方法，虽然罔顾重大历史事实，但却最大限度地减轻了朝廷中礼教派的压力。沈家本本人从未出国，不通外文，而能接受新思想，以外国专家为辅导，并跳出体用窠臼，提出“新学往往从旧学推演而出”，确有过人之处。
　　直到1911年刘延琛弹劾之时，沈家本已将其“西政中源”“新学往往从旧学推出”所能带来的空间最大化利用了。
　　然而，正如今日改革常有的辩论一样，司法改革毕竟是政治改革的一部分。具体到沈家本的工作而言，修律在1906年以前是变法的一部分，1906年以后更是清廷立宪工作的一部分，而清廷变法和立宪工作，始则诚意不足，继则过于张皇，终于不成其事。他的修律工作也只能随着清廷的灭亡而告终了。
　　对于沈家本而言，不幸之处，当年他遭遇的种种问题：中西之争、礼法之争、部院之争等如今仍在重演，而他要实现的司法独立的目标，至今也所见未即。