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基于长江经济带2013～2017年的省市数据,建立了长江经济带货物运输效率与高新技术产业集聚关系的回归模型.利用DEA非期望产出模型构建的Malmquist指数测度货物运输效率,利用区位熵指数测算各地区高新技术产业集聚程度.实证结果表明:货物运输效率有效提高了高新技术产业的集聚程度,纯技术效率的影响大于综合效率的影响.最后,对长江经济带高新技术产业集聚优化提出了相关建议:促进货物运输投入的应用与转化;平衡货物运输区域发展;完善制度建设和货物运输监管.