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本发明公开了一种耐化学性高透明柔性聚酯合金薄膜及其制备方法，它由聚对苯二甲酸乙二酯（PET）和聚对苯二甲酸丙二酯（PTT）通过长径比为40～100的双螺杆挤出机共混制备。其中PTT的质量分数为30％～80％。所制备薄膜的冷结晶峰温度在83℃～125℃之间，玻璃化转变温度在59℃～70℃之间。制备方法为将干燥过的PTT和PET切片通过挤出机进行熔融共混挤出，制得非取向聚酯合金薄膜。