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黄连对生境要求特殊,其生产完全依赖于森林资源的消耗,每种1hm2黄连要破坏3hm2林地,消耗150m3木材,每个种植阶段都会引起较严重的水土流失,其中第一年的土壤侵蚀模数为5360t/km2。在重庆市石柱县黄连主产区黄水镇,由于历年来一直种植黄连,野生动物生存环境长期受到破坏,沟河鱼类资源2001年比1981年减少73%,有8种大型陆生脊椎动物绝迹,而一些食草性动物的数量近年有所增加。