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科技支撑推动发展
科技是第一生产力，从根本上决定了大宗淡水鱼类产业的长期发展潜力和水平。1958年，我国水产科学家成功实现池养鲢、鳙的自然繁殖，结束了淡水养殖鱼苗单纯依赖捕捞的历史，开创了淡水养鱼新纪元。上世纪80年代后，使用人绒毛膜促性腺激素（HCG）和促黄体生成激素释放激素类似物（LRH-A）作为催情剂，使淡水鱼类的繁殖技术逐步趋于完善。1987年，全国人工繁殖鱼苗超过2000多亿尾，比1957年（捕捞鱼苗最高纪录）的234亿尾提高近10倍，实现了巨大的经济和社会效益。此后，我国淡水鱼类全人工繁殖技术及其理论一直处于国际领先地位。目前，我国淡水养殖鱼类苗种90%来自人工繁殖。2012年，我国淡水鱼苗产量已经达到11181亿尾。人工繁殖种苗问题的解决，有效促进了淡水鱼类养殖业发展。
2012年，我国的渔业科研机构数为110个，共有从业人员6939人，科技活动人员5015人，目前的科技活动收入有15.76亿元，平均每个机构1432.5万元，从业人员人均为22.7万元。2012年发表科技论文2335篇、著作52种，授权专利301件，平均每个科技人员人均科技论文0.47篇。完整的水产教育、科研、推广机构体系的建立，使科技对水产业科学发展的支撑作用越来越明显。
上世纪90年代以来，池塘大面积综合高产养鱼理论体系和技术体系、大水面“三网”（网箱、网围、网栏）养鱼和资源增殖、施肥综合配套养鱼技术、集约化养殖技术的确立，以及暴发性流行病防治技术的突破，推动了水产养殖业进入新的发展阶段。2012年，我国池塘养殖面积达到256.7万公顷，占淡水养殖总面积的43.5%，养殖产量1866.4万吨，占淡水养殖总量的70.6%，产出效率远高于其他生产方式。
而以叶轮式增氧机为代表的养殖装备科技成果的应用，则大幅提高了单位面积池塘养殖密度。颗粒饲料机、膨化饲料机、投饲机的研发成功也保证了全价配合颗粒饲料的大量使用，提高了养殖集约化程度与经济效益。上个世纪90年代以后，我国的水产养殖机械化发展较快，部分城市郊区和商品鱼基地的池塘养殖生产中，主要作业环节基本实现机械化。
随着高密度水产养殖业发展，2003年-2008年的5年间，我国水产品因病害致损量增加6.4%，直接刺激了渔药产业发展，我国渔用药物产值从24579.17万元增加到109824.38万元，增加了3.1倍，年均增长率34.9%，渔药产值在渔业经济总产值当中的比例从0.04%提高到0.11%，其在渔业第二产业中所占比例从0.19%提高到0.43%。近年来，在水产养殖病害预测预报、药物研发、致病机理和防控路径的研究等方面的工作正在扎实开展，对健康养殖氛围形成起到良好的促进作用。
此外，冰温和微冻保鲜、速冻加工、鱼糜生物加工、低温快速腌制、糟醉、低强度杀菌和鱼肉蛋白的生物利用等加工技术的推进应用使得大宗淡水鱼加工利用程度进一步提高。而手机、网络等新媒体技术的传播应用也在一定程度上促进了信息不对称问题的解决，助推了水产养殖业的大发展。
总体上，科技进步提高了水产品的利用率和经济效益。根据产业经济功能研究室测算，1990年-2007年，我国淡水养殖业的科技进步贡献率平均为60.87%，表明我国淡水养殖业的科技进步贡献率较高。
科技基础薄弱，技术瓶颈问题突出
上世纪90年代以来，我国大宗淡水鱼产业进入增长方式转型的关键时期，未来其高效健康发展将有赖于科技进步的有力支持。但目前，在产业发展的关键环节仍存在一些重大的技术瓶颈问题，影响整个产业未来的持续稳定发展。
鱼类育种水平不高
种业发展程度直接影响大宗淡水鱼产业的良种化水平和养殖业健康发展。目前，我国在鱼类细胞核移植技术的建立、理论和实际应用方面都居世界领先地位，但在基因工程育种、分子标记辅助育种和BLUP法育种方面仍存在滞后。由于育种理论及方法上的研究不足，我国在水生生物繁殖和发育机理方面缺乏系统研究，高效、定向、多性状的现代良种选育技术体系尚未建立。这主要体现在：基因育种进展较慢，在新的基因启动子、基因表达调控研究方面相对落后。基因功能分析研究滞后，难与国外大规模的模式生物鱼类的研究相比。在鱼类胚胎干细胞培养和基因打靶实现转基因定点整合方面研究尚不成熟。DNA分子标记辅助育种技术在大宗淡水鱼类良种培育中尚属起步。过去受计算工具限制，在育种上有很大实用价值的BLUP法的应用较之国外晚了20年。
养殖设施工程化水平落后
在各类养殖模式中，池塘养殖的集约化、工程化水平相对较高。但是，我国小规模、大分散的池塘养殖特点决定了现有养殖条件与养殖设施向着工程化方向发展在实践中还有一段不小的距离。
首先，我国养殖池塘多兴建于上世纪80年代初期，经过几十年的利用，大部分池塘老化淤积问题普遍，水污染问题突出，养殖户主要靠换水、机械增氧和生态制剂来调节水质。好水才能养好鱼。在水质状况不佳的状态下，养殖鱼类会出现应激状态，造成病害多发，药残控制和品质管理困难，也难以应对气候变化的多重影响。
其次，传统养殖池塘规模小，池塘布局仅有提供鱼类生长的空间和基本的进排水功能，不具备废水处理、循环利用、水质检测等功能。总体上看，我国养殖池塘现代化、工程化、设施化水平较低，养殖环境生态化调控手段不足。
第三，对资源消耗型的水产养殖的环境友好的技术支撑体系尚不完善。目前，养殖户普遍使用投饲机、增氧机、水泵、清塘机、网箱、温室等，但在饲喂、摄食等环节的精准化程度低，在机械化、电子化、自动化装置方面与国外先进国家还有很大差距。而随着工业化、城市化发展，水产养殖用水与工业和生活用水的冲突将日益加重，水产养殖水质性缺水的局面会逐渐加重，目前水体处理技术缺乏实用性、集成程度不高、成本增加，从根本上解决我国大规模水产养殖用水难题的技术尚未攻克。针对养殖水域污染的研究和改进技术还基本处于空白，针对池塘底质污染的生态修复技术还有待进一步完善。 病害防控技术体系面临挑战巨大
随着气候和水体环境变化和养殖模式的集中化、规模化发展，近年来淡水鱼类各类病害呈多发态势，新问题和新特征不断出现，病害成为导致养殖经济损失的主要因素。与日趋严峻的病害防控形势相比，我国在疫病预防、检测、渔药科技方面的发展还处于起步阶段，自主研发能力比较薄弱。
1.新生疫病防控缺乏前期工作基础
目前，病毒、细菌、真菌和寄生虫等病害仍不同程度地困扰着养殖户。长期、大量用药，也导致病原产生抗药性，加大了防治难度。一些未曾报道过的病原近年来在我国大范围流行。如锦鲤疱疹病毒以前只危害观赏鱼锦鲤，近几年在北方鲤鱼主养区爆发该疾病；鲤疱疹病毒II型以前只危害金鱼，近几年在我国中东部鲫鱼主养区肆虐。对这些新生疾病的机理和传播途径之前缺乏前期研究基础，因而在防控技术研究方面基本上还是空白。新生疾病的出现往往意味着产业发展面临巨大风险。这需要主管部门高度重视，要未雨绸缪。产、学、研各部门应协力攻关，及时防控。
2.疫苗、绿色渔药的基础研究和应用技术不能满足需要
为保证水环境健康和水产品质量安全，未来水产养殖的发展方向是要减少化学投入品的生产和使用，对疫苗和高效绿色渔药的需求会逐步增加。目前，大宗淡水鱼适用的商品化疫苗只集中在草鱼上，主要包括细菌、烂鳃和肠炎三联灭活疫苗及草鱼出血病减毒疫苗。其他大宗淡水鱼则为空白。疫苗研制需以强大的基础研究为支撑，难度大、耗时长，需要大的投入和持续支持。其次，我国高效、绿色渔药的研制进展缓慢，禁用渔药替代品的研究未能及时跟上，也尚无一例成功获得产品批文与生产许可。渔用化学药物至今尚未形成自主产品系列，专用型渔药研发不足，杀虫剂研发生产薄弱，抗生素的研究速度已无法解决日趋复杂的耐药性问题。中草药研究薄弱。总的来说，这与缺少科技投入、缺乏人才有着直接关联，但也需要整个产业从养殖方式上进行彻底反思。
3.药理学、药物安全使用方面的基础研究不足
目前，很多渔药缺乏严格而全面的毒理学数据等，用药规范等方面资料缺乏，养殖领域滥用药物情况严重。对渔药残留控制的基础科学研究、药物残留标准制定、检测方法等重视不够。
饲料营养开发不足
水产饲料业发展目前面临着原料紧张、原料价格高涨的问题，降低饲料成本和确保饲料质量是水产科技的一个重大研究课题。中国水产饲料行业起步晚、投入不足、研究基础薄弱，发展水平远远滞后于发达国家。目前我国人工配合饲料的普及率不足1/3，与水产养殖大国的地位极不相称。
在水产动物营养研究方面，我国比发达国家晚40年。与渔药和疫苗研究领域的情况类似，在饲料营养的研究方面也存在基础数据不完善、配方水平不高、基础研究滞后的问题。大宗淡水鱼在不同阶段、不同环境下的营养需求、主要原料消化率、饲料加5535艺等基础数据，水产动物主要营养物的消化、吸收和代谢的生理生化过程，不同淡水鱼类代谢、生长等分子调控机制和与养殖模式相适应的饲料配方与投喂技术的研发都比较缺乏。
配方技术是水产饲料发展的重要基础，是提高饲料利用效率，解决饲料成本高和废物排放问题的关键性技术。日本、挪威、美国等国的养殖鲑、鳟、鲆鲽鱼和鲤鱼饲料系数在1.0-1.3之间，其他鱼类及甲壳类的饲料系数在1.5-1.8之间。我国目前只有部分品种的饲料系数总体水平达到1.8。由于我国对水产品营养需求的研究不够，基本数据空白或残缺，技术盲点多，使水产饲料业配方粗糙。我国的饲料添加剂绝大多数是矿物盐和氯化胆碱，而技术含量较高的氨基酸、维生素等产品生产能力较低，与发达国家的差距非常大。据产业经济研究室调查，饲料业对提高饲料中蛋白含量、减少原料污染、有效资源的开发利用、饲料配方的优化技术和成本控制技术、设备升级改造等需求强烈。
加工技术仍显薄弱
近年来，我国淡水鱼加工关键技术和装备水平取得了明显提升。总体来看，在淡水鱼加工业方面，目前最大的技术瓶颈是淡水鱼加工增值和成本控制问题。目前，大多数企业的加工下脚料以低价提供给鱼粉和鱼油生产企业，其中大量的蛋白质、脂肪、灰分等营养物质未被充分开发利用，企业急需开发具有高附加值和市场前景的副产物深加工产品。其次，劳动力节约型加工机械缺乏。目前劳动力成本逐年增加，加工企业希望通过开发鱼体分割设备和干燥效率高、成本低的干燥技术和装备，解决鱼的剖杀、去鳞去腮去内脏、风干等工序的耗劳多、人工费用高的问题。第三，开发运输、贮藏中的常温保存和品质控制技术，减少存储费用，延长货架期。第四，开发淡水鱼糜加工新技术、开发调理加工产品。解决淡水鱼糜生产中耗水量大、废水量大，鱼糜凝胶强度低、土腥味重，蛋白易冷冻变性、易凝胶劣化、保质期短等问题，开发骨肉高效分离技术、节水技术、淡水鱼糜抗冷冻变性技术、脱腥技术、胶凝技术、重组技术等加工技术；以淡水鱼糜为原料，开发耐贮藏、适合加热的方便鱼糜系列产品等。
科技体制机制迫切需要进一步理顺
农业科学研究属于溢出效应明显的需要政府支持的领域。在我国，水产科技的核心力量一直是国家级的科研院所。改革开放以来，水产科技体制经历多轮改革，根据市场经济的要求转轨，但体制不顺、激励偏差、投入不足、效率不高的问题仍比较明显，在很大程度上制约了科技作用的发挥。
针对产业存在的重大技术性瓶颈问题，在国家科技重点项目“现代农业产业技术体系”的支持下，“十—五”和“十二五”期间，大宗淡水鱼类产业技术体系聘用岗位科学家25人，设立30个综合试验站150个示范县，以点带面，重点解决大宗淡水鱼类优质高产、模式升级、提高养殖效率、延长产业链等技术问题。体系运行6年，已经在新品种培育、新养殖模式构建和养殖设备研发、新渔药研发、鱼病研究和快速检测技术、营养需求研究和投喂模型建立、开发加工系列产品和产业化、数字化平台建设及产业经济研究方面取得长足进步。但毕竟产业技术体系并没有撼动原有体制，而更多的是在机制上做文章，理顺科技体制机制是回避不了的基本问题。 多头管理
我国的农业科技体制构架庞大，从中央、省级、地市级（甚至区县级）都有农业研究、教学和推广机构。此外，综合性研究院和大学有涉农研究，实力较强的涉农企业研发力量也在壮大。从管理部门来看，至少有十多个部委有涉农科技投入。
多头管理而又没有有效的沟通和协调，容易造成多头申报、一题多报，导致重复投入、重复建设，有限的科研经费使用效率不高。而科研“项目化”则带来了科研行为短期化，一些好的研究方向得不到连续稳定的经费支持，科技人员预期差，只得跟着经费和项目转，甚至导致科研积累的丧失。整体上看，科研投入是增加了，但投入效率不高。
行政化割裂
教育、科研、推广三者有各自的基本功能，但又紧密联系、相互作用。因此，发达国家除了将一部分特殊职能分离出来成立专门机构外，一般尽可能着力建立产学研紧密联系的机制。美国、日本等国家注重以产业发展需求为基础，通过建立一体化机构体系、将科研教学活动下沉的方式，将不同职能统一到一个体系之中。在美国，大学的渔业学院或系都有自己的研究所和技术推广任务，这些研究所构成了美国渔业最主要的科研力量。每个研究所都有自己的特色并将研发成果直接与基层的生产对接。美国等发达国家的农业技术推广体系也不单纯是推广，而是致力于培养和提高农民发现和解决问题的能力。通过农业教育、科研和推广三位一体的推广方法，加强了教育、科研、推广和合作经济组织的联系，加速科技成果的转化。美国农业科技成果推广率已达到80%，农业科技对农业总产值的贡献率达到75%以上。
从运行机制来看，我国科技体系带有明显的计划经济遗留特征，由政府组织开展工作，每一级组织围绕同级政府的工作开展有关业务活动。这种体制带来三个突出问题：一是脱离生产实际。农业科技机构的业务活动依据政府指令进行，科技资源相应采取行政化配置方式。科技人员缺乏深入生产第一线和转化成果的动力，科技机构很少考察解决渔业生产实际问题。由于很少与生产直接发生联系，技术使用者的需求也往往容易被忽视，不仅造成研究方向和重点发生偏差，科技项目及经费管理也不尽合理。二是三个体系割裂。与科技进步有关的教育、科研、推广体系各自为战，难以形成一体化支撑力量。三是造成科研项目垄断。科技资源分配“苦乐不均”，青年科技人才成长难，基层科研单位经费极度缺乏。四是研究价值取向出现偏差。重学术，轻实践，重获奖，轻应用，科技成果多，但有效供给少。由于没有建立起服务对象评价制度，大量科研项目变成了以获奖为研究目的的工作，成果转化效率不高。
投入机制不完善
科研工作具有很强的公共性。科技体制改革要以促进科技与经济的结合为取向，但不能简单地推向市场，这是科技发展规律决定的。对基础性研究、高新技术研究、公共性技术推广服务，仍然需要稳定支持。对应用性研究，政府也要加大支持力度。美国将科学研究写进法律条文来保证科研的进行，并对科研方向加以规定，不仅增加了科研的权威性，大大促进了科研，而且保证了科研主流方向的正确性。直到“十五”以后，我国水产科研院所经费状况才有所好转，但总体上仍然明显不足，没有稳定持续的支持计划。国家级项目到了一个院所只能支持个别专家和团队，大部分的水产科技工作者仍缺乏稳定的经费支持。实现科技与经济的融合，必须针对基础、重要问题建立长期稳定投入机制，为解决长期、基础性、重大问题提供条件。
科技是第一生产力，从根本上决定了大宗淡水鱼类产业的长期发展潜力和水平。1958年，我国水产科学家成功实现池养鲢、鳙的自然繁殖，结束了淡水养殖鱼苗单纯依赖捕捞的历史，开创了淡水养鱼新纪元。上世纪80年代后，使用人绒毛膜促性腺激素（HCG）和促黄体生成激素释放激素类似物（LRH-A）作为催情剂，使淡水鱼类的繁殖技术逐步趋于完善。1987年，全国人工繁殖鱼苗超过2000多亿尾，比1957年（捕捞鱼苗最高纪录）的234亿尾提高近10倍，实现了巨大的经济和社会效益。此后，我国淡水鱼类全人工繁殖技术及其理论一直处于国际领先地位。目前，我国淡水养殖鱼类苗种90%来自人工繁殖。2012年，我国淡水鱼苗产量已经达到11181亿尾。人工繁殖种苗问题的解决，有效促进了淡水鱼类养殖业发展。
2012年，我国的渔业科研机构数为110个，共有从业人员6939人，科技活动人员5015人，目前的科技活动收入有15.76亿元，平均每个机构1432.5万元，从业人员人均为22.7万元。2012年发表科技论文2335篇、著作52种，授权专利301件，平均每个科技人员人均科技论文0.47篇。完整的水产教育、科研、推广机构体系的建立，使科技对水产业科学发展的支撑作用越来越明显。
上世纪90年代以来，池塘大面积综合高产养鱼理论体系和技术体系、大水面“三网”（网箱、网围、网栏）养鱼和资源增殖、施肥综合配套养鱼技术、集约化养殖技术的确立，以及暴发性流行病防治技术的突破，推动了水产养殖业进入新的发展阶段。2012年，我国池塘养殖面积达到256.7万公顷，占淡水养殖总面积的43.5%，养殖产量1866.4万吨，占淡水养殖总量的70.6%，产出效率远高于其他生产方式。
而以叶轮式增氧机为代表的养殖装备科技成果的应用，则大幅提高了单位面积池塘养殖密度。颗粒饲料机、膨化饲料机、投饲机的研发成功也保证了全价配合颗粒饲料的大量使用，提高了养殖集约化程度与经济效益。上个世纪90年代以后，我国的水产养殖机械化发展较快，部分城市郊区和商品鱼基地的池塘养殖生产中，主要作业环节基本实现机械化。
随着高密度水产养殖业发展，2003年-2008年的5年间，我国水产品因病害致损量增加6.4%，直接刺激了渔药产业发展，我国渔用药物产值从24579.17万元增加到109824.38万元，增加了3.1倍，年均增长率34.9%，渔药产值在渔业经济总产值当中的比例从0.04%提高到0.11%，其在渔业第二产业中所占比例从0.19%提高到0.43%。近年来，在水产养殖病害预测预报、药物研发、致病机理和防控路径的研究等方面的工作正在扎实开展，对健康养殖氛围形成起到良好的促进作用。
此外，冰温和微冻保鲜、速冻加工、鱼糜生物加工、低温快速腌制、糟醉、低强度杀菌和鱼肉蛋白的生物利用等加工技术的推进应用使得大宗淡水鱼加工利用程度进一步提高。而手机、网络等新媒体技术的传播应用也在一定程度上促进了信息不对称问题的解决，助推了水产养殖业的大发展。
总体上，科技进步提高了水产品的利用率和经济效益。根据产业经济功能研究室测算，1990年-2007年，我国淡水养殖业的科技进步贡献率平均为60.87%，表明我国淡水养殖业的科技进步贡献率较高。
科技基础薄弱，技术瓶颈问题突出
上世纪90年代以来，我国大宗淡水鱼产业进入增长方式转型的关键时期，未来其高效健康发展将有赖于科技进步的有力支持。但目前，在产业发展的关键环节仍存在一些重大的技术瓶颈问题，影响整个产业未来的持续稳定发展。
鱼类育种水平不高
种业发展程度直接影响大宗淡水鱼产业的良种化水平和养殖业健康发展。目前，我国在鱼类细胞核移植技术的建立、理论和实际应用方面都居世界领先地位，但在基因工程育种、分子标记辅助育种和BLUP法育种方面仍存在滞后。由于育种理论及方法上的研究不足，我国在水生生物繁殖和发育机理方面缺乏系统研究，高效、定向、多性状的现代良种选育技术体系尚未建立。这主要体现在：基因育种进展较慢，在新的基因启动子、基因表达调控研究方面相对落后。基因功能分析研究滞后，难与国外大规模的模式生物鱼类的研究相比。在鱼类胚胎干细胞培养和基因打靶实现转基因定点整合方面研究尚不成熟。DNA分子标记辅助育种技术在大宗淡水鱼类良种培育中尚属起步。过去受计算工具限制，在育种上有很大实用价值的BLUP法的应用较之国外晚了20年。
养殖设施工程化水平落后
在各类养殖模式中，池塘养殖的集约化、工程化水平相对较高。但是，我国小规模、大分散的池塘养殖特点决定了现有养殖条件与养殖设施向着工程化方向发展在实践中还有一段不小的距离。
首先，我国养殖池塘多兴建于上世纪80年代初期，经过几十年的利用，大部分池塘老化淤积问题普遍，水污染问题突出，养殖户主要靠换水、机械增氧和生态制剂来调节水质。好水才能养好鱼。在水质状况不佳的状态下，养殖鱼类会出现应激状态，造成病害多发，药残控制和品质管理困难，也难以应对气候变化的多重影响。
其次，传统养殖池塘规模小，池塘布局仅有提供鱼类生长的空间和基本的进排水功能，不具备废水处理、循环利用、水质检测等功能。总体上看，我国养殖池塘现代化、工程化、设施化水平较低，养殖环境生态化调控手段不足。
第三，对资源消耗型的水产养殖的环境友好的技术支撑体系尚不完善。目前，养殖户普遍使用投饲机、增氧机、水泵、清塘机、网箱、温室等，但在饲喂、摄食等环节的精准化程度低，在机械化、电子化、自动化装置方面与国外先进国家还有很大差距。而随着工业化、城市化发展，水产养殖用水与工业和生活用水的冲突将日益加重，水产养殖水质性缺水的局面会逐渐加重，目前水体处理技术缺乏实用性、集成程度不高、成本增加，从根本上解决我国大规模水产养殖用水难题的技术尚未攻克。针对养殖水域污染的研究和改进技术还基本处于空白，针对池塘底质污染的生态修复技术还有待进一步完善。 病害防控技术体系面临挑战巨大
随着气候和水体环境变化和养殖模式的集中化、规模化发展，近年来淡水鱼类各类病害呈多发态势，新问题和新特征不断出现，病害成为导致养殖经济损失的主要因素。与日趋严峻的病害防控形势相比，我国在疫病预防、检测、渔药科技方面的发展还处于起步阶段，自主研发能力比较薄弱。
1.新生疫病防控缺乏前期工作基础
目前，病毒、细菌、真菌和寄生虫等病害仍不同程度地困扰着养殖户。长期、大量用药，也导致病原产生抗药性，加大了防治难度。一些未曾报道过的病原近年来在我国大范围流行。如锦鲤疱疹病毒以前只危害观赏鱼锦鲤，近几年在北方鲤鱼主养区爆发该疾病；鲤疱疹病毒II型以前只危害金鱼，近几年在我国中东部鲫鱼主养区肆虐。对这些新生疾病的机理和传播途径之前缺乏前期研究基础，因而在防控技术研究方面基本上还是空白。新生疾病的出现往往意味着产业发展面临巨大风险。这需要主管部门高度重视，要未雨绸缪。产、学、研各部门应协力攻关，及时防控。
2.疫苗、绿色渔药的基础研究和应用技术不能满足需要
为保证水环境健康和水产品质量安全，未来水产养殖的发展方向是要减少化学投入品的生产和使用，对疫苗和高效绿色渔药的需求会逐步增加。目前，大宗淡水鱼适用的商品化疫苗只集中在草鱼上，主要包括细菌、烂鳃和肠炎三联灭活疫苗及草鱼出血病减毒疫苗。其他大宗淡水鱼则为空白。疫苗研制需以强大的基础研究为支撑，难度大、耗时长，需要大的投入和持续支持。其次，我国高效、绿色渔药的研制进展缓慢，禁用渔药替代品的研究未能及时跟上，也尚无一例成功获得产品批文与生产许可。渔用化学药物至今尚未形成自主产品系列，专用型渔药研发不足，杀虫剂研发生产薄弱，抗生素的研究速度已无法解决日趋复杂的耐药性问题。中草药研究薄弱。总的来说，这与缺少科技投入、缺乏人才有着直接关联，但也需要整个产业从养殖方式上进行彻底反思。
3.药理学、药物安全使用方面的基础研究不足
目前，很多渔药缺乏严格而全面的毒理学数据等，用药规范等方面资料缺乏，养殖领域滥用药物情况严重。对渔药残留控制的基础科学研究、药物残留标准制定、检测方法等重视不够。
饲料营养开发不足
水产饲料业发展目前面临着原料紧张、原料价格高涨的问题，降低饲料成本和确保饲料质量是水产科技的一个重大研究课题。中国水产饲料行业起步晚、投入不足、研究基础薄弱，发展水平远远滞后于发达国家。目前我国人工配合饲料的普及率不足1/3，与水产养殖大国的地位极不相称。
在水产动物营养研究方面，我国比发达国家晚40年。与渔药和疫苗研究领域的情况类似，在饲料营养的研究方面也存在基础数据不完善、配方水平不高、基础研究滞后的问题。大宗淡水鱼在不同阶段、不同环境下的营养需求、主要原料消化率、饲料加5535艺等基础数据，水产动物主要营养物的消化、吸收和代谢的生理生化过程，不同淡水鱼类代谢、生长等分子调控机制和与养殖模式相适应的饲料配方与投喂技术的研发都比较缺乏。
配方技术是水产饲料发展的重要基础，是提高饲料利用效率，解决饲料成本高和废物排放问题的关键性技术。日本、挪威、美国等国的养殖鲑、鳟、鲆鲽鱼和鲤鱼饲料系数在1.0-1.3之间，其他鱼类及甲壳类的饲料系数在1.5-1.8之间。我国目前只有部分品种的饲料系数总体水平达到1.8。由于我国对水产品营养需求的研究不够，基本数据空白或残缺，技术盲点多，使水产饲料业配方粗糙。我国的饲料添加剂绝大多数是矿物盐和氯化胆碱，而技术含量较高的氨基酸、维生素等产品生产能力较低，与发达国家的差距非常大。据产业经济研究室调查，饲料业对提高饲料中蛋白含量、减少原料污染、有效资源的开发利用、饲料配方的优化技术和成本控制技术、设备升级改造等需求强烈。
加工技术仍显薄弱
近年来，我国淡水鱼加工关键技术和装备水平取得了明显提升。总体来看，在淡水鱼加工业方面，目前最大的技术瓶颈是淡水鱼加工增值和成本控制问题。目前，大多数企业的加工下脚料以低价提供给鱼粉和鱼油生产企业，其中大量的蛋白质、脂肪、灰分等营养物质未被充分开发利用，企业急需开发具有高附加值和市场前景的副产物深加工产品。其次，劳动力节约型加工机械缺乏。目前劳动力成本逐年增加，加工企业希望通过开发鱼体分割设备和干燥效率高、成本低的干燥技术和装备，解决鱼的剖杀、去鳞去腮去内脏、风干等工序的耗劳多、人工费用高的问题。第三，开发运输、贮藏中的常温保存和品质控制技术，减少存储费用，延长货架期。第四，开发淡水鱼糜加工新技术、开发调理加工产品。解决淡水鱼糜生产中耗水量大、废水量大，鱼糜凝胶强度低、土腥味重，蛋白易冷冻变性、易凝胶劣化、保质期短等问题，开发骨肉高效分离技术、节水技术、淡水鱼糜抗冷冻变性技术、脱腥技术、胶凝技术、重组技术等加工技术；以淡水鱼糜为原料，开发耐贮藏、适合加热的方便鱼糜系列产品等。
科技体制机制迫切需要进一步理顺
农业科学研究属于溢出效应明显的需要政府支持的领域。在我国，水产科技的核心力量一直是国家级的科研院所。改革开放以来，水产科技体制经历多轮改革，根据市场经济的要求转轨，但体制不顺、激励偏差、投入不足、效率不高的问题仍比较明显，在很大程度上制约了科技作用的发挥。
针对产业存在的重大技术性瓶颈问题，在国家科技重点项目“现代农业产业技术体系”的支持下，“十—五”和“十二五”期间，大宗淡水鱼类产业技术体系聘用岗位科学家25人，设立30个综合试验站150个示范县，以点带面，重点解决大宗淡水鱼类优质高产、模式升级、提高养殖效率、延长产业链等技术问题。体系运行6年，已经在新品种培育、新养殖模式构建和养殖设备研发、新渔药研发、鱼病研究和快速检测技术、营养需求研究和投喂模型建立、开发加工系列产品和产业化、数字化平台建设及产业经济研究方面取得长足进步。但毕竟产业技术体系并没有撼动原有体制，而更多的是在机制上做文章，理顺科技体制机制是回避不了的基本问题。 多头管理
我国的农业科技体制构架庞大，从中央、省级、地市级（甚至区县级）都有农业研究、教学和推广机构。此外，综合性研究院和大学有涉农研究，实力较强的涉农企业研发力量也在壮大。从管理部门来看，至少有十多个部委有涉农科技投入。
多头管理而又没有有效的沟通和协调，容易造成多头申报、一题多报，导致重复投入、重复建设，有限的科研经费使用效率不高。而科研“项目化”则带来了科研行为短期化，一些好的研究方向得不到连续稳定的经费支持，科技人员预期差，只得跟着经费和项目转，甚至导致科研积累的丧失。整体上看，科研投入是增加了，但投入效率不高。
行政化割裂
教育、科研、推广三者有各自的基本功能，但又紧密联系、相互作用。因此，发达国家除了将一部分特殊职能分离出来成立专门机构外，一般尽可能着力建立产学研紧密联系的机制。美国、日本等国家注重以产业发展需求为基础，通过建立一体化机构体系、将科研教学活动下沉的方式，将不同职能统一到一个体系之中。在美国，大学的渔业学院或系都有自己的研究所和技术推广任务，这些研究所构成了美国渔业最主要的科研力量。每个研究所都有自己的特色并将研发成果直接与基层的生产对接。美国等发达国家的农业技术推广体系也不单纯是推广，而是致力于培养和提高农民发现和解决问题的能力。通过农业教育、科研和推广三位一体的推广方法，加强了教育、科研、推广和合作经济组织的联系，加速科技成果的转化。美国农业科技成果推广率已达到80%，农业科技对农业总产值的贡献率达到75%以上。
从运行机制来看，我国科技体系带有明显的计划经济遗留特征，由政府组织开展工作，每一级组织围绕同级政府的工作开展有关业务活动。这种体制带来三个突出问题：一是脱离生产实际。农业科技机构的业务活动依据政府指令进行，科技资源相应采取行政化配置方式。科技人员缺乏深入生产第一线和转化成果的动力，科技机构很少考察解决渔业生产实际问题。由于很少与生产直接发生联系，技术使用者的需求也往往容易被忽视，不仅造成研究方向和重点发生偏差，科技项目及经费管理也不尽合理。二是三个体系割裂。与科技进步有关的教育、科研、推广体系各自为战，难以形成一体化支撑力量。三是造成科研项目垄断。科技资源分配“苦乐不均”，青年科技人才成长难，基层科研单位经费极度缺乏。四是研究价值取向出现偏差。重学术，轻实践，重获奖，轻应用，科技成果多，但有效供给少。由于没有建立起服务对象评价制度，大量科研项目变成了以获奖为研究目的的工作，成果转化效率不高。
投入机制不完善
科研工作具有很强的公共性。科技体制改革要以促进科技与经济的结合为取向，但不能简单地推向市场，这是科技发展规律决定的。对基础性研究、高新技术研究、公共性技术推广服务，仍然需要稳定支持。对应用性研究，政府也要加大支持力度。美国将科学研究写进法律条文来保证科研的进行，并对科研方向加以规定，不仅增加了科研的权威性，大大促进了科研，而且保证了科研主流方向的正确性。直到“十五”以后，我国水产科研院所经费状况才有所好转，但总体上仍然明显不足，没有稳定持续的支持计划。国家级项目到了一个院所只能支持个别专家和团队，大部分的水产科技工作者仍缺乏稳定的经费支持。实现科技与经济的融合，必须针对基础、重要问题建立长期稳定投入机制，为解决长期、基础性、重大问题提供条件。