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1形态与染色结核分枝杆菌为细长略带弯曲的杆菌，牛分枝杆菌则比较粗短，细菌细胞壁脂质含量较高，约占干重的60％，特别是有大量分枝菌酸包围在肽聚糖层的外面，可影响染料的穿入。分枝杆菌一般用齐尼抗酸染色法，以5％石炭酸复红加温染色，但用3％盐酸乙醇不易脱色。若再加用美蓝复染，则分枝杆菌呈红色，而其他细菌和背景中的物质为蓝色。