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建立区域间的合作机制是解决我国区域经济发展不均衡问题的主要渠道之一。如何处理区域合作过程中的利益冲突问题，涉及到合作能否得以持续的关键。要实现合作利益合理分配，必须超越仅仅局限于比较优势和资源配置的分析视角，而选择自组织治理理论作为分析的框架。这一理论不但使资源配置实现了帕累托效率，还能在利益分配上达到平等待人的合理状态。