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建立了亲水作用色谱-串联质谱（HPLC-MS／MS）测定盐酸吗啉胍的方法，样品中的盐酸吗啉胍残留经三氯乙酸溶液沉淀和提取，加入庚烷磺酸钠离子对试剂后固相萃取柱净化，亲水作用色谱柱用于分离，正离子多反应监测模式检测（MRM），外标法定量。在添加含量5—100μg/kg范围内回收率为60％-107％；相对标准偏差（RSD）5．8％-12％；方法检出限（LOD）和定量下限（LOQ）分别为2、5μg/kg。方法可满足动物组织中盐酸吗啉胍定性、定量要求，该前处理和液相分离方法可用于其他强碱性化合物的测定。