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当前，金融危机对实体经济的影响愈加明显，并由此给区域经济发展带来更多的挑战，随之也为其带来理念、机制和硬件变革的新动力。对此本文提出在新的挑战下，全力推进自主创新，是增强区域经济竞争力，保持经济社会发展强劲动力的必然选择。阐述科技创新是应对全球金融危机的最有效的方式，并分析提出了可具体实施的数个创新战略和保证区域创新活动持续稳定发展的结构调整及优化配置问题。