地区经济发展的差异和历史原因造就了规模庞大的代耕农群体,他们从边远农村来到沿海发达地区农村,租用当地农民的承包地从事农业生产,为当地农业的发展和经济繁荣做出了突出贡献。但近年来,在以土地经营权流转为核心的农村土地制度改革进程中,存在着较严重的代耕农群体参与缺失问题。根据对典型代耕农集中地福建省沙县西村和鑫益土地合作社的案例分析发现,代耕农参与缺失主要表现在土地流转的制度设计、交易过程和流转后经营等三个方面,导致这些问题的因素包括政策设计、农村社区产权制度与代耕农个体功能等方面。土地流转中的参与缺失对代耕农利益带来很大程度的侵害,并形成了相当严重的社会后果。针对这些问题,应从户籍、经营权和扶持政策等方面采取有效对策,以期保护代耕农群体的利益,促进土地流转的均衡发展。