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牛顿关于自然研究的方法论思想在近代科学发展史上占有极重要的地位。这种方法论坚定地继承了经验主义基调，极为反对当时还占有较大优势的经院哲学方法论，十分重视与经验和实验紧密相关的归纳方法在科学研究中的重要作用，也不排斥演绎方法、特别是假说在科学研究中的合理运用。不仅如此，牛顿在他的整个科学实践活动中，还创造性地运用了有效的数学方法作为思维工具，使他能从直接的经验材料中抽象出大量具有普遍意义的规定性即科学概念，并以此形成了严密的科学体系