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利用AFLP分子标记技术对南瓜属4个栽培种中的88个品种间亲缘关系进行分析。从64对引物中筛选出10对引物进行选择性扩增，共获得515条清晰可辨的标记，其中多态性条带202条。多态率39．22％。聚类分析结果表明：黑籽南瓜与西葫芦的亲缘关系较近，与南瓜的亲缘关系次之，与笋瓜的亲缘关系最远。3个常见的栽培种中西葫芦与南瓜的亲缘关系较近，与笋瓜的亲缘关系较远。