【摘 要】
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目的拟利用地黄Rehmannia glutinosa EST数据通过生物信息学手段预测新的地黄microRNAs(miRNA),为今后地黄miRNA的生物学研究奠定基础。方法根据miRNA家族在不同物种中的保守
【机 构】
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黑龙江中医药大学,中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所,
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目的拟利用地黄Rehmannia glutinosa EST数据通过生物信息学手段预测新的地黄microRNAs(miRNA),为今后地黄miRNA的生物学研究奠定基础。方法根据miRNA家族在不同物种中的保守性,将miRBase数据库中的已知植物miRNA与通过高通量测序获得的93 172条地黄EST序列进行同源比对,按照miRNA前体应具备的标准进行筛选。结果预测到分属于8个家族的8条潜在地黄miRNA序列,并通过实时荧光定量PCR对8条预测的miRNA进行了检测,证实8条miRNA在地黄中真实存在。随后利用软件对8条地黄miRNA的靶基因进行预测,发现其靶基因主要编码与地黄生长发育、代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白。结论新预测的地黄miRNA及其靶基因为今后研究它们在地黄中的生物学功能奠定了基础。
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<正>赵军,男,汉族,1978年生,中共党员。2000年本科毕业于安徽大学哲学系,2004年硕士毕业于西安电子科技大学人文学院,2007年博士毕业于华中科技大学教育科学研究院。2007年到