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针对常用地球主磁场模型误差较大的问题，用描述小尺度区域下地壳异常场的矩谐模型代替，设计一种舰船地磁独立导航系统。将水面舰船的运动方程与矩谐模型表示的观测方程结合起来，构成独立导航系统。同时为了避免引入截断误差，采用无迹卡尔曼滤波算法。仿真结果显示：该导航系统有足够高的精度，位置误差不超过2m，可以作为一种独立的导航方式使用。