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执行十几年的《医院财政制度》，国家财政部于2001年进行修订，并在2011年正式实行。几年来，该制度的修订给医院财务管理带来多方面的积极影响。归纳起来，集中在预算管理制度、财务核算管理制度、财务的分析体系和内部监控等三个方面。具体来说，在预算管理制度上，不断医院的预算编制和审核机制、执行力量和监管考评机制；在财务核算管理制度上，不断规范医院收入支出的分类、转变为责权发生制、成本管理机制、财务报表管理。