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以前认为含而不显的内含子，现已证明其内藏的可读框架（ＯＲＦ）不仅可以表达为成熟酶、逆转录酶和核酸内切酶，而且这些酶又对基因的表达具有重要的或潜在的影响。内含子可以极大地增强基因的表达，在转录和转译水平上影响基因的表达过程；内含子序列中还含有调控基因表达的元件；还有报道指出内含子还与衰老过程、ｒＤＮＡ群体和个体变异、对环境的适应性以及癌症等相应的生理过程有关。