目的:分析安徽省基层卫生综合改革的实施效果。方法:按照社会经济状况,选择安徽省三个城市6个区县共88家基层医疗卫生机构作为研究对象,收集2009—2011年的相关数据,分析基层卫生综合改革的实施效果。结果:2011年社区卫生服务中心和乡镇卫生院药占比分别降至23.97%和30.73%,基层卫生机构的补偿结构发生明显改变;大专以上学历卫生技术人员所占比例明显增加,人力资源数量和结构逐步改善;人员收入有所增长但满意度仍然不高。门急诊服务数量和效率提高,住院服务数量和效率有所降低,医疗费用得到控制,服务质量有所改善。结论:政府的强力推动是安徽省基层卫生综合改革迅速推进的重要保障。初步实现了建立公益性运行新机制的目标,但人力资源仍然不足,绩效考核与预期实现的激励效果仍存在差距。理顺政府与基层卫生机构之间的治理关系仍需继续努力;应完善招聘机制,合理提高医务人员收入,改进绩效考核方案,关注改革措施的综合作用,巩固已有成果。