二战期间，琥珀屋在柯尼斯堡失踪。1946年，战火刚灭，苏德便开始搜寻琥珀屋，但一无结果。寻找者都认为它已经不复存在，要么毁灭于柯尼斯堡大轰炸，要么殒命于轰炸之后的全城大火。更有专家提出，琥珀屋在战时已经从柯尼斯堡运抵德国科堡市，还有人猜测，琥珀屋藏在东德盐矿或美国的银行保险库里。欧洲还一度流行琥珀屋已坠入深海的说法，1945年1月30日，琥珀屋被装上了纳粹德国邮轮“古斯特洛夫”号。据史料记载，该船当日从波兰北部的格丁尼亚港，撤离计约10582名被苏军围困在东普鲁士的德国平民、伤兵及海员，本应经波罗的海返回德国基尔港，熟料途中被苏联红军С-13潜艇击沉。
　　然而在上世纪90年代，琥珀屋中的一件稀世珍品突然现身，它就是极其名贵的意大利佛罗伦萨风格的马赛克画《触觉与嗅觉》。它完成于1787年，是俄国沙皇叶卡捷琳娜二世高价向意大利画师订购的三幅同样作品中的一幅，叶卡捷琳娜二世在改造琥珀屋时，下旨在屋中悬挂其中一幅。调查表明，一名曾在叶卡捷琳娜皇宫参与劫持琥珀屋的德国军官在运送琥珀屋时监守自盗，将《触觉与嗅觉》偷走，藏在德国不莱梅的一家公证处。多年过去，这名德军军官或死或失踪，未能回来认领名画，不莱梅公证处遂伺机变卖，遭人检举后，马赛克画《触觉与嗅觉》即被德国政府没收。后来，公证处同意将它捐赠给不莱梅城市博物馆，该博物馆又将其交还俄罗斯圣彼得堡叶卡捷琳娜皇宫博物馆。2000年4月29日，德国文化部部长诺曼前来俄罗斯，向当时的代总统普京交还琥珀屋的部分散件：即马赛克画《触觉与嗅觉》和1711年由柏林工匠制作的琥珀五斗橱。
　　至此，琥珀屋的故事好像已经结束。但事实并非如此，世人对它的去处兴趣依旧浓厚，然而琥珀屋的下落却更加扑朔迷离。如今关于琥珀屋的失踪推断盛行如下几种说法：第一，琥珀屋毁灭于英军柯尼斯堡大轰炸。第二，琥珀屋被德军藏匿于柯尼斯堡，至今仍在。德国《明镜周刊》曾在2001～2008年对柯尼斯堡皇家城堡废墟里展开挖掘，理由是他们找到了当年的目击证人，对方于1945年亲眼看见30箱琥珀屋的散件被运进皇家城堡的北配楼的地下室藏匿。《明镜周刊》最终一无所获，专家说即使琥珀屋在地下室后再未转运他处，地下室的湿度和温度也不利于琥珀的保存，历经70余年，它们已经分解殆尽。第三，琥珀屋战争期间被撤离柯尼斯堡，藏匿于德国、奥地利、波兰和捷克等国中的某一个国家，但最终也已消失，原因同上。第四，在战争结束前，漏网的纳粹军官携琥珀屋逃往南美，它至今还在纳粹军官后裔手中。第五，琥珀屋战后被盟军缴获，后被美国调查纳粹德国毁坏世界文物的专家秘密运往美国，多年后辗转落入个人收藏家之手，至今秘而不宣。第六，琥珀屋被苏军缴获运往柏林，与其他物资混在一起。1950年，苏联政府根据与美国签署的二战对友邦供应武器物资食粮的租借法案，用琥珀屋还了美国债务。第七，琥珀屋1945年4月毁于苏军纵火焚城。那时苏军已经占领柯尼斯堡全城，为了强化解放柯尼斯堡的意义，他们纵火烧掉了普鲁士皇家城堡，殃及地下室藏匿的琥珀屋。第八，奥地利《标准报》报道，1944年德军派遣47名士兵将琥珀屋悄然藏匿于丹麦日德兰半岛一个名为阿萨的居民点，如今参与运输和藏匿的46名德军士兵都已死去，只有克拉夫特一人尚存，他年逾90，不愿将秘密带入棺材，于是接受《标准报》采访，公开琥珀屋藏匿的秘密。
　　琥珀屋已消失整整75年，但世人的关注却有增无减。2008年，俄罗斯历史学家西扬金娜出版专著《琥珀传说的幕后：战争、革命、政治和特勤中的宝藏》，提出了新见解和新发现。2012年，国际研究学者对琥珀屋又有了一些新发现，再次勾起世人对其转移的浓厚兴趣。2015年，俄罗斯拍摄完成了纪录影片《琥珀屋》，提醒世人铭记历史。