【摘 要】
：
目的 通过生物信息学方法鉴定胃癌(GC)发生发展的关键基因,并寻找GC诊断和预后的生物标志物.方法 从GEO数据库下载3个数据集(GSE54129、GSE29998和GSE19826).利用在线分析工具GEOR2筛选出3个数据集中GC差异表达基因,并筛选出共有的GC差异表达基因.对共有的差异表达基因进行功能富集分析.通过STRING构建GC差异表达基因的蛋白质互作网络,应用Cytoscape软件筛选出关键基因.利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库和Oncomine数据库分别对关键基因在GC组织和正常
【机 构】
：
新乡市中心医院/新乡医学院第四临床学院,河南 新乡 453000
论文部分内容阅读
目的 通过生物信息学方法鉴定胃癌(GC)发生发展的关键基因,并寻找GC诊断和预后的生物标志物.方法 从GEO数据库下载3个数据集(GSE54129、GSE29998和GSE19826).利用在线分析工具GEOR2筛选出3个数据集中GC差异表达基因,并筛选出共有的GC差异表达基因.对共有的差异表达基因进行功能富集分析.通过STRING构建GC差异表达基因的蛋白质互作网络,应用Cytoscape软件筛选出关键基因.利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库和Oncomine数据库分别对关键基因在GC组织和正常组织中的差异表达进行分析和验证.最后利用Kaplan-Meier plotter数据库和GEPIA数据库分别对关键基因在GC患者中的预后作用进行分析和验证.结果 从3个数据库中共筛选出32个差异表达基因.GO分析显示,差异表达基因主要参与细胞外泌体和胞外区的细胞组成.KEGG信号通路分析显示,差异表达基因主要参与构建细胞外基质受体相互作用、蛋白质消化和吸收等.Cytoscape软件共筛选出7个关键基因,分别为COL5A2、XCOL12A1、THBS2、CTHRC1、PRRX1、COL8A1和CDH11,且7个基因均为上调基因.COL5A2、COL12A1、THBS2、CTHRC1、PRRX1、COL8A1、CDH11在GC组织的表达水平高于正常组织,且高表达患者预后较差.结论 COL5A2、COL12A1、THBS2、CTHRC1、PRRX1、COL8A1、CDH11基因可能在GC发生发展的中起重要作用,且与患者预后相关,可能为GC诊疗新的生物标志物.
其他文献
目的:随着卡介苗的保护效应日趋减弱,以及结核分枝杆菌耐药株的广泛存在,全球尚缺乏控制结核病的有效疫苗,全球结核病发病率和病死率仍然较高。本研究旨在分析结核分枝杆菌抗原Rv2654重组蛋白在诱导小鼠细胞免疫和体液免疫应答中的作用,评价其作为抗结核病候选疫苗的潜力。方法:在细菌的对数生长期加入诱导剂异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl-beta-D-thiogalactoside,IPTG)诱导细菌表达Rv2654重组蛋白,用亲和层析纯化,蛋白质印迹法鉴定Rv2654重组蛋白。采用ELISA方法检
目的 探讨山西典型地区(太原、阳泉、长治、晋城)大气PM2.5污染的传输路径,并分析其潜在源区.方法 采用后向轨迹模型(HYSPLIT)、潜在源贡献因子法(PSCF)和浓度权重轨迹法(CWT),对山西典型地区冬季(2019年12月—2020年2月)大气PM2.5逐日48 h后向轨迹进行聚类分析,探讨四城市PM2.5污染的传输路径和潜在源区,利用相关分析法分析PM2.5与其他大气污染物和气象因素的相关性.结果 山西四城市PM2.5质量浓度在冬季呈现太原[(84.16±49.11)μg/m3]>晋城[(74.
目的探讨分子伴侣Rer1在hERG钾通道蛋白转运中的作用机制,并进行可能恢复hERG转运异常的药物Baf A1研究。方法将A561V突变体及野生型hERG载体瞬时转染人胚胎肾上皮细胞系(HEK293T),建立野生、突变及混合转染细胞模型;运用免疫荧光、蛋白免疫印迹检测hERG及Rer1的表达;采用小干扰RNA技术敲低Rer1表达后检测hERG蛋白的表达;V-ATP酶抑制剂Bafilomycin A1(Baf A1)以1 mmol/L孵育各组细胞6 h后Western blot检测hERG蛋白表达;用膜片钳
尽管目前手术水平和影像学检查方法有了长足的进步,吻合口漏仍然是肠外科手术后的主要并发症,发病率和病死率都很高,并且吻合口漏已经成为威胁患者术后生命安全、预后效果和生活质量的严重并发症之一。吻合口漏的发生涉及多种病理、生理因素的改变,并受机体肠道微生物群、炎症和免疫系统的影响。术前患者肠道准备会改变肠道内微生物种群的种类和数量,术中的吻合方式和出血量等多种因素也与吻合口漏的发生密切相关。此外,吻合口漏的出现与结直肠癌患者术后肿瘤的局部复发存在关联性,术中进行的保护性造口能够降低吻合口漏的发生率,联合术前调整
目的:纵向弛豫时间定量成像(T1 mapping)可以无创性定量心肌初始纵向弛豫时间(T1值),在钆延时强化灶(late gadolinium enhancement,LGE)基础上提供更多的心肌纤维化信息。但传统的测量T1值的方法由于感兴趣区(regions of interest,ROI)需包括短轴全部心肌(the whole short axis,SAX),操作复杂且耗时,因而限制了其在临床上的应用。本研究拟对比中间层间隔壁(cons
目的 探讨小儿肾积水手术中应用双J管与硅胶外支架的疗效.方法 选取2018年3月至2021年3月河南科技大学第一附属医院收治的88例肾积水患儿作为研究对象,根据抓阄法分为硅胶外支架组和双J管组,各44例.硅胶外支架组接受硅胶外支架引流,双J管组接受双J管引流.比较两组肾血流动力学指标、肾功能指标、术后一般情况、术后6个月并发症发生情况及肾积水恢复情况.结果 双J管组住院时间和手术时间均短于硅胶外支架组,但拔管时间长于硅胶外支架组,差异均有统计学意义(P0.05);术后6个月两组肾积水恢复情况比较,差异无统
目的 探讨急性脑梗死(ACI)溶栓治疗后恢复期患者健康促进行为状况,并分析其影响因素.方法 选取获嘉县人民医院2019年4月至2021年4月收治的80例ACI溶栓治疗后恢复期患者为研究对象,均获得3个月随访结果,随访3个月时采用健康促进生活方式量表Ⅱ(HPLPⅡ)评估患者健康促进行为情况,询问并记录患者一般资料;比较不同资料特征的ACI溶栓治疗后恢复期患者HPLPⅡ评分,分析可能导致ACI溶栓治疗后恢复期患者健康促进行为的影响因素.结果 中高程度疾病不确定感、具有一般社会支持度、低水平自我效能感的ACI溶
目的 探讨新生儿先天性支气管胆管瘘(CBBF)的流行病学特征、临床表现和诊疗要点.方法 整理郑州大学第三附属医院收治的1例新生儿CBBF合并胆道闭锁的临床资料.以“新生儿”“婴儿”“先天性支气管胆管瘘”“胆道闭锁”“neonate”“infant”“congenital bronchobiliary fistula”“biliary atresia”为关键词,对中国生物医学文献数据库、中国知网、万方数据库、维普中文科技期刊全文数据库、PubMed、Embase及Web of Science数据库自建库至2
目的:人工耳蜗植入的主要目的是恢复语前聋患儿听觉功能,使其获得正常的言语发育、学习和社交能力,改善其生活质量。以往的研究多集中于单纯听觉或言语能力的改善。本研究评估人工耳蜗植入术后患者听觉言语能力及生活质量的变化情况,探索人工耳蜗植入术对患者听觉言语康复效果的影响。方法:2021年2月采用便利抽样法,在湖南省某三级甲等医院人工耳蜗植入随访中心数据库中抽取171例人工耳蜗植入术后的患者为观察对象,采用听觉行为分级量表(Categories of Auditory Performance,CAP)、父母版言语
目的:探讨1,3-丙二胺对铜绿假单胞菌生物膜形成的抑制作用及其潜在的作用机制。方法:将实验分为添加1,3-丙二胺的实验组和不添加1,3-丙二胺的对照组。利用结晶紫染色法检测1,3-丙二胺对铜绿假单胞菌生物膜的抑制作用,比较两组生物膜的形成量;通过初始黏附抑制试验和泳动平板试验检测1,3-丙二胺对铜绿假单胞菌初始黏附和泳动能力的抑制作用,比较两组的细菌初始黏附量和泳动的直径大小;通过蛋白质印迹法比较两组鞭毛蛋白Flagellin的表达;通过real-time RT-PCR比较两组铜绿假单胞菌群体密度感应系统