数字经济时代，创新生态系统成为企业竞合的主要形态，但现有研究主要关注企业创新生态系统的建设和赋能作用，企业创新生态系统的治理研究亟待加强。本文运用科学知识图谱可视化分析方法，针对WOS和CNKI数据库中2000年1月—2022年6月的1593篇相关文献进行关键词共享、高频词时区划分、热点词聚类和突现词辨析等计量分析和比较，分析中外企业创新生态系统治理研究的进展、演进路径，讨论其内涵外延和基本理论，展望企业创新生态系统治理的发展趋势和热点问题。研究发现：首先，中外对于企业创新生态系统治理研究在时间上并不同步，国外在20世纪90年代提出企业创新生态系统治理，随后由起步期进入平稳增长期，再到高速增长期，而中国企业创新生态系统治理研究先后经历了萌芽期、渐进期和高速增长期；其次，中外研究均体现了从企业创新生态系统治理输入、治理过程和治理输出的基础理论逻辑；最后，数字创新生态系统治理、科技创新责任治理、区块链治理、知识产权安全治理、创新制度与政策变革等问题是共同关注的前沿动向，数字创新生态系统治理、治理研究方法扩展及治理动态化问题或将成为未来研究重点方向。