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高新技术创新能力是促进高新技术企业快速发展的推动力。2011-2014年,新疆高新技术企业快速发展,高新技术创新能力不断提升。通过问卷调查方法,对61家新疆高新技术企业的研发资金投入能力、研发人员投入能力、研究开发能力、创新产出能力状况展开分析。研究发现,制约新疆高新技术企业技术创新能力提升的主要因素是研发资金投入不足、创新人才缺乏、技术成果转化率低、创新环境薄弱。最后,就如何提升新疆高新技术企业技术创新能力,建议提高R&D经费投入强度、完善创新人才培育体系、完善产学研合作机制、完善科技创新信息服务体系。