目的了解2016年盐城市手足口病肠道病毒病原谱分布特征,并对鉴定为EV71、CVA16型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法收集疑似手足口病咽肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR方法检测通用、EV71和CVA16型肠道病毒核酸,以RT-PCR法扩增其VP1基因全长编码区并进行序列分析,采用MegAlign、mafft、MEGA等软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016年盐城市共收集疑似手足口病标本504份,检出肠道病毒核酸阳性165份,阳性率32.74%,EV71型、CVA16型、其他型别分别占4.37%、6.94%、21.43%。对EV71、CVA16型肠道病毒遗传进化树分析显示,盐城地区EV71和CVA16代表株分别属于C4a、B1b基因亚群进化分支,未发生基因亚群的转换,在各自进化分支中形成3条传播主链,远离各自原型株。结论 2016年盐城市手足病病原谱为多种基因型的肠道病毒共同流行。其他肠道病毒为优势病原体,EV71和CVA16仍占有一定比例。