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针对船舶动力辅助系统复杂性和分布式的特点以及复杂环境中不确定条件下自治控制的需求，提出了将分布式多Agent控制方法应用于动力辅助系统控制系统。在此基础上，结合某船冷却水系统，建立了Agent控制结构，研究了Agent之间的协作模型，并通过将各个Agent功能及协作算法以软件的形式嵌入在欧姆龙CJ2M型PLC中，开发了其控制器。为了验证控制器的有效性，搭建了控制系统硬件在环仿真试验平台，并通过模拟两种典型场景得到了可视化的试验结果。结果表明，该控制方法大大提高了系统的自治水平和鲁棒性。