目的对结核分枝杆菌复合群菌种鉴定的传统方法与PCR法进行对比研究,为临床应用提供科学依据。方法分别采用传统结核分枝杆菌菌种鉴定方法(对硝基苯甲酸和噻吩-2-羧酸肼)和PCR法,对2010年4月至2011年5月新疆喀什胸科医院住院、临床确诊肺结核患者的313份(例)晨痰标本临床分离株进行菌种鉴定。立意抽样法抽出100份结核分枝杆菌、牛分枝杆菌及非洲分枝杆菌Ⅰ型菌株,用Spoligotyping法检测前两种方法结果的可靠性。结果传统方法检测出结核分枝杆菌253株,牛分枝杆菌60株;而PCR法检测出结核分枝杆菌306株,牛分枝杆菌1株,非洲分枝杆菌Ⅰ型6株,两者间差异无统计学意义(χ2=5.05,P=0.08),两者检测的一致率为79.87%(250/313)。传统方法和PCR法鉴定结果差异虽无统计学意义,但传统方法检测出牛分枝杆菌60株,而PCR法仅检测出牛分枝杆菌1株,差异有统计学意义(χ2=4.16,P=0.04),故用立意抽检100份菌株,用Spoligotyping检测出牛分枝杆菌2株,结核分枝杆菌90株、非洲分枝杆菌Ⅰ型6株,2株未能检出菌型;其和传统方法与PCR法的一致率分别为38.78%[(2+36)/98]、98.98%[(1+90+6)/98]。结论经过Spoligotyping法检测可知,在结核分枝杆菌复合群菌种鉴定中传统方法较PCR法耗时、繁琐,且不能较准确地鉴定出菌种,而PCR法可准确、快速的将其鉴定到亚种。