在我国实施创新驱动的战略背景下,专利制度对我国技术创新能力的提升具有重要意义。然而,专利制度安排以及市场竞争的加剧,引发了专利纠纷和专利诉讼爆炸。一方面,专利制度在知识的私有性和公有性之间寻求平衡的制度设计引致了专利制度能否促进技术创新的理论纷争,并内生了专利纠纷；另一方面,来自新时代下的商战竞争、大数据时代以及制度(法律)环境变化等给专利制度带来了更多的不确定性。实践的巨大变化使得企业不得不寻求更多策略,加之技术变化以及专利审查制度等方面的因素,专利纠纷愈演愈烈,导致了专利丛林困境以及专利蟑螂现象的出现。专利纠纷的出现影响和改变着专利相关人的行为和策略,也在一定程度上扰乱了专利市场秩序,专利纠纷复杂性和专业性的特点使得专利保护领域出现了新问题和新矛盾。宏观层面上,我国专利制度虽借鉴了西方的经验,但在本土化立法和司法实践中还存在着诸多不足；微观层面上,企业对专利申请策略以及专利的运用水平还有待提升。专利制度的相关研究多集中于创新与激励方面,侧重于说明专利如何在改善创新激励方面发挥作用,而对专利制度事后问题的关注相对较少,对专利纠纷的研究也尚未形成较为完整的理论框架和一致结论。理论研究方面,法学研究和经济学研究没有很好地结合在一起,法学家侧重于从具体法条的合理性方面进行较为深入的分析,而经济学家侧重解释专利纠纷相关现象,却并未形成一个相对清晰的研究范式。实证研究方面,国外学者结合专利数据库和司法判例数据库进行了经验研究,但对专利制度能否有效促进技术创新以及专利纠纷的相关问题所得到的结论也并不一致。相比之下,专利纠纷的我国本土化研究进展更是缓慢。一方面,我国的司法判决案例库建设较为滞后,专利数据库的信息含量也较美国有一定的差距,这影响了我国专利纠纷研究的进展：另一方面,我国的法经济学者较少,法学和经济学间研究的分割也较为明显,因此较难得到专利纠纷的全景图。针对专利纠纷问题在我国实践中的重要性以及当前研究中存在的不足,本文试图在专利纠纷的发生、诉讼决策及救济方面推进已有研究,使对专利纠纷相关问题的认识达到更加深入的层次。依据所研究问题的特点,本文采用经济分析方法、实证计量分析及博弈分析的研究方法。在对专利纠纷的分析中,首先从经济分析的角度说明专利制度的经济学基础,并用文献证明法提出专利纠纷内生于专利制度的观点。然后运用博弈模型和实证计量分析对专利纠纷的发生机制、诉讼决策机制以及救济机制进行理论和实证分析,并提出规范性的对策建议。通过这些研究,本文期望达到四个研究目的。一是较为系统地归纳和总结法经济学框架下专利纠纷的研究现状和研究范式。二是探寻专利纠纷的发生、决策及救济机制,深入研究专利纠纷背后的逻辑与机理。三是发现我国专利制度存在的问题,进而说明和预测专利系统改革的趋势和方向。四是分析说明知识经济时代下企业与政府行为的变动以及应对策略。本文的核心内容是对专利纠纷的发生、决策及救济机制进行理论和实证分析。因为专利纠纷的发生、诉讼决策和司法、行政的救济机制共同影响和决定了专利纠纷的发生和最终解决结果。理论上对专利纠纷相关机制进行剖析,并运用数据进行理论的实证检验,是对专利纠纷相关机制的分解和深化,是对专利纠纷发生及解决的最好诠释。在专利纠纷的发生机制中,我们将专利纠纷发生的原因归结为专利制度和专利法律框架中立法的缺陷、专利申请人的专利布局和专利申请策略以及当事人的侵权与反侵权决策,并构建了完全信息下的静态和动态博弈模型,以说明专利纠纷当事人的侵权、反侵权策略及专利制度在减少专利纠纷发生方面所作出的努力。结果发现,专利制度立法缺陷是引发专利纠纷发生的原因之一,专利制度的有效设计可以降低专利纠纷发生的概率；专利申请人的专利布局、申请策略以及侵权与反侵权策略均影响专利纠纷的发生概率。专利纠纷发生后,核心问题就变成了当事人的专利诉讼策略。法学家和经济学家们在这一领域进行了相对较多的研究,但过多的研究集中在庭前和解阶段方面,本文将研究拓展到专利的诉讼阶段。在专利诉讼决策机制上,我们选取了融资约束和声誉机制对当事人的诉讼和解及上诉决策这一研究空白进行分析,期望将已有研究推进一步。结果发现,融资约束和声誉机制在企业诉讼和解及上诉决策中发挥着重要的作用,但在诉讼的不同阶段发挥着不同的作用。越是注重声誉的公司,在专利诉讼中越不易和解,但也不易上诉。同时,上市公司融资约束程度越弱,同样越不易和解,但更容易上诉。专利救济也在专利纠纷的解决中发挥着重要作用。目前,我国对于专利权的救济实行司法程序和行政程序的“双轨制”,但对于这一体制是否有效的争论沛然不息,争论的焦点是专利行政保护制度存在的必要性。本文认为行政权介入专利权的保护具有一定的理论和实践基础,司法保护不能完全替代专利行政管理部门的职能。为了验证我们的判断,我们使用2009—2012年在中国创业板上市的348家企业检验了专利行政保护制度的有效性。选择的切入点或者说有效性的一个判定标准是各地的专利行政执法偏好对各地区企业创新激励的影响差异。研究发现,在我国“大调解”制度下,地区专利侵权纠纷行政调解方式的倾向有利于增强企业创新激励。对专利纠纷的经济分析是本文的一大亮点。法学领域对专利纠纷和专利诉讼的分析较多,但是主要侧重于具体法律法规的制定。法学分析既不能很好地厘清专利纠纷发生背后的逻辑机制以及纠纷当事人的决策过程,也无法定量度量专利纠纷及专利改革对社会福利和创新结果的影响。经济学分析很好地解决了这一问题。本文所运用的博弈分析厘清了专利纠纷发生背后的故事和逻辑,实证分析验证了纠纷当事人诉讼决策和专利救济的创新结果等假说。将经济分析运用于对专利纠纷问题的研究,在某种程度上推进了法学和经济学的跨学科融合。本研究拓展了已有专利纠纷的研究,在构建专利纠纷内生于专利制度这一理论框架的基础上,运用我国专利纠纷数据对专利纠纷的发生、诉讼决策和救济机制进行了理论分析和实证检验,并有针对性地提出了企业和政府的专利纠纷应对之道。这一研究拓展了法经济学的中国本土化研究,有助于更好地认识和理解专利纠纷,并从立法改革和司法实践的角度对专利制度改革及专利纠纷的解决提出具有针对性的政策建议。这些分析既为专利申请者和运营者提供了策略选择的依据和参考,也为政策制定者和专利司法、行政的实践者了解现实专利制度和专利纠纷的作用机制提供了经验证据,为解决专利制度目前存在的问题提供了解决思路和改革启示,也为互联网时代下我国创新驱动战略的实施和我国技术创新能力的提升提供了重要参考。