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学院制改革不仅是学科关系的重新组织，而且可以促进高校内部权力结构的调整，形成高校新的权力机制和权力结构，我们在分析国外三种权力结构模式和共同特点后，认为美国大学的以行政权力为主的结构模式更加值得我国高校借鉴。根据我国高校的特点和传统，提出学院制改革中权力结构调整要遵循行政权力和学术权力适当分离党政权力职责明确、权力重心下移，权力适当分散、权力结构多元化等五个主要原则。