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对冷冻干燥蘑菇加工过程微生物控制的研究表明，采用质量分数为10～15×10^-6的ClO2进行喷淋清洗消毒，喷淋压力应大于9．8kPa，冲洗总时间宜控制在190—240s，可有效降低蘑菇冻结前的原始菌数。冻结对微生物有较大的杀伤力，冷冻蘑菇适宜的温度为-22℃左右，以中速进行冻结，时间不少于4h，可将产品微生物指标降低到可接受的水平。脱水后的产品要求加工车间相对湿度每天（班前、班后）都控制在50％以下，可有效抑制车间微生物的生长繁殖。