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分析了我国高校航天学科学生创新实践项目实施过程存在的主要问题,包括项目选题由教师限定、实施环节教师干预过多、实施过程工程模式模拟借鉴不足等。以高空科学气球系统为例,探讨了CDIO工程教育模式在创新实践项目指导中的应用,规划了构思、设计、实现、运行4个阶段教师和学生的具体分工,为高等院校航空航天学科实践教学改革提供有益借鉴。