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测定了邻近湛江的茂名海区和硇洲岛海域文昌鱼各2个样本线粒体Cytb基因全序列,以尾索动物亚门的2种海鞘（Ciona spp.）和脊椎动物亚门的七鳃鳗（Petromyzon marinus）作为外群,利用分子系统学方法与GenBank收录的14个文昌鱼（Branchiostoma）的Cytb基因全序列进行了比较,UPGMA法构建了系统发生树。全序列分析表明：主产于大西洋（批针文昌鱼B.lanceolatum和佛罗里达文昌鱼B.floridae）、厦门文昌鱼（B.belcheri belcheri Gray）