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进化分析表明，与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体（Rickettsia prowazekii ）.搜索酿酒酵母（ Saccharomyces cerevisia ） 线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质，仅发现了5个同源蛋白，且它们只属于转运系统在线粒体外膜和基质上的模块，没有发现转运系统在膜间隙和内膜模块的同源蛋白．对大肠杆菌（Escherichia coli K-12 MG1655）的分析也有类似的结果．因此线粒体蛋白转运系统应该不是直接起源于内共生的原核生物．