目的：比较分析在口腔真菌感染治疗中制霉菌素与氟康唑外用的临床治疗效果，从而为口腔真菌感染治疗效果提升奠定基础。方法：研究对象为我院2013年9月—2016年5月期间收治的88例间质性肺炎合并口腔真菌感染患者，根据患者的意愿随机分为观察组（44例）和对照组（44例），对照组使用氟康唑外用治疗，观察组采用制霉菌素治疗，比较分析不同药物对应患者的治疗效果。结果：对患者治疗效果评价后显示，观察组以95.5%的治疗总有效率高于对照组77.3%的治疗总有效率（P＜0.05），具有统计学意义，同时治疗后3天的真菌阳性检出率方面，观察组低于对照组（P＜0.05），具有统计学意义。结论：对于口腔真菌感染患者采用制霉菌素相对于氟康唑外用，效果更好，能够较快的降低真菌阳性率，改善患者临床，值得推广应用。