食品中微生物检测结果的准确性涉及多方面因素。如何在食品微生物检测过程中，控制好检测过程，就是要抓住微生物检测过程中的关键控制点。
　　一般情况下，同实验室检测检验过程中质量控制有关的无非是人、机、料、法、环这五个关键点。但是对于微生物检测检验而言，这五个点不能够全面的评价其中的质控点。
　　检测结果的质量控制体现在检测过程的质量控制中。可以从以下六个方面进行管控。
　　一、检测技术人员的要求
　　必须是具有一定资质的微生物学或相关专业的人员来操作。微生物检测不同与理化检测，其对人员的素质要求较高，因为大部分微生物的培养结果都需要技术人员通过感官进行判断。理化检测可以学一下就可能掌握，但是微生物的操作是要经过长期的实践经验来积累的。
　　除了对微生物感官的判断外，还需要掌握相关设备和试剂盒的使用，尤其是微生物生化鉴定设备和生化鉴定试剂盒，因为这两个产品对最终微生物种属的判定尤为关键。
　　比如沙门血清学检测中，对于血清型的分型就很有挑战性，因为有些沙门氏菌的血凝性很低，所以对于血清凝集与否的判定就很难，一步错就步步错，导致将血清型分错。
　　还有对于可疑菌种的判定，完全是依靠人员的技术素质和视觉判断力，如果不熟悉典型菌落的形态，就容易将可疑菌判定错误。
　　二、设备的状况
　　很多人说微生物检测过程中除了水浴锅、均质器、天平和培养箱外，不要什么特殊的设备。这是实话，但也比较片面。你知道抽滤装置在微生物检测过程中的作用吗？对于饮用水的检测而言，这套设备很重要，状况保护也很重要。因为怎么能用有限过滤口对多数样品进行检测，而又不能够产生交叉污染。这是有技巧的，对于钢制抽滤口而言，需要在每次抽滤完成后，需要点燃酒精棉球置于抽滤口中进行灭菌处理，之后再用下一个样品冲洗过滤口，这样就能很好的避免交叉污染。
　　三、样品的状况
　　微生物检测对于样品的原始状态状况要求很高，必须是完整包装的，不与外界空气直接接触的。这样检测结果才能很好的反应送检样品的真是微生物存在情况。如果送来的样品外包装已经破损，样品外露，那是不符合被检条件的。
　　如一袋生湿面条送检，只是用普通的塑料袋包装，并且口也没有完全封严实。这样的样品检测菌落总数，那结果可能就不能真是反应这个样品中的菌落数。必须要用无菌袋或者包装袋进行取样和送检。
　　还有就是鲜奶的取样过程，鲜奶的取消过程是要求无菌的，接样的容器也是要求无菌的。如果使用未灭菌的广口瓶去采样，那检测结果也不能保证真实有效。
　　对于这些本身微生物含有量丰富的样品，一定特别注意样品状况。
　　四、方法的选择
　　首先要明确一点，检出限在微生物学定性检测中是没有实际概念的，在进行定性微生物检测时，能检测到但无法进一步精确数值的微生物的最小量;判定限只在进行定量微生物检测时，在判定评估方法规定的实验条件下，可能引起特定变化的微生物最小量。所以方法的选择很重要，比如大肠菌群的检测方法，就有定性检测和定量检测两种方法，前者被推荐用在大肠菌群含量较少的样品，后者被推荐用在大肠含量较多的样品检测中。
　　检验员在检测之前需要要确认方法，才能更好的反应微生物的真是存在情况。
　　五、環境控制
　　环境控制在微生物检测中分为两种：一种是检测环境的控制，另一种是培养环境的控制。两者都很重要。
　　首先是检测环境的控制，微生物检测的整个流程都需要在无菌环境下进行，包括样品的开启、制样、做样、辨别可疑及确证的过程。必须监控无菌室的温湿度，并对无菌室的洁净度进行定期检测，保证复合检测要求。检测样品时，必须要制作稀释液对照和空气对照，才能最好的保障检测结果。若发现空气污染，要及时对整个检测环境进行消毒除菌处理。无菌室需配备专用清理工具，不能用湿拖布拖地。
　　其次是培养环境的选择，有普通恒温培养、恒温恒湿培养、厌氧培养、二氧化碳培养、恒温水浴培养，不同的目标菌要选择不同的培养方式。但是主要怕的是在培养过程中发生污染的情况，所以要定期对培养环境内部进行消毒除菌处理，保证检测结果的准确性。
　　六、其他
　　除了以上质控点外，还需要定期参加盲样考核、能力验证、质量考核，保证实验室检测能力。
　　每批，都需要同时制作阳性菌株对照。
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