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针对以最小化工件提前期和拖期惩罚费用加权和为目标的两阶段装配流水车间调度问题，证明了工件之间的最优排序性质，并将其嵌入优化算法中。由于该问题的NP难性，提出了一种变邻域类电磁机制（VNS-EM）混合算法。该混合算法在类电磁机制（EM）算法的每一次迭代过程中嵌入改进的变邻域搜索（VNS）算法，利用其较好的局部搜索能力对每代最优个体的邻域进行精细搜索，从而提高解的质量。仿真结果表明了算法的有效性。与VNS算法和EM算法相比较，提出的VNS-EM混合算法能更好地兼顾算法的精度和求解速度。