【目的】波罗的海希瓦氏菌是冷藏海产品中常见的腐败菌，通过全基因组测序和转录组测序，分析它们的规律成簇间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats， CRISPR）系统和限制修饰 （restricted modification， R-M）系统，为波罗的海希瓦氏菌的基础生物学研究和海产品中微生物的致腐机制提供理论基础。【方法】分析大黄鱼来源波罗的海希瓦氏菌SB-19株和W-3株的致腐能力，对W-3株的全基因组序列进行测序、组装和注释，结合已报道的SB-19株和27株希瓦氏菌的全基因组序列，比较基因组学方法探究它们的CRISPR和R-M系统差异，进而对SB-19株和W-3株在不同生长时期进行转录组测序，以及两株菌内致腐相关基因的共进化分析。【结果】灭菌大黄鱼汁中产生挥发性盐基总氮和三甲胺值显示波罗的海希瓦氏菌SB-19株和W-3株分别为强致腐能力和弱致腐能力菌株；平均核苷酸一致性证实SB-19株和W-3株为波罗的海希瓦氏菌，但基于全基因组构建的系统发育树则发现二者之间存在遗传信息上的差异；SB-19株具有相对完善的CRISPR系统，而W-3株则有更丰富的R-M系统；转录组测序反映出SB-19株在对数期和平台期的生长阶段具有更为活跃的新陈代谢能力和环境适应能力；但是这两株细菌中与致腐相关基因在进化过程中较为保守。【结论】CRISPR系统和R-M系统为异养型的波罗的海希瓦氏菌提供了较好的异源遗传信息入侵屏障，在维持物种遗传稳定性方面发挥了重要作用，但不参与该菌致腐能力差异的进化过程。