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运用数据包络分析(DEA)对2002-2011年安徽省高新技术产业的综合效率、纯技术效率和规模效率进行了测算,并对影响决策单元无效的原因进行了分析。结果表明,安徽省高新技术产业在“十五”和“十一五”期间呈现快速发展的趋势;投入规模是造成高新技术产业效率单元无效的主要原因。政府应继续加大专项资金投入和对企业研发的补助,同时引导全社会加强对高新技术产业的投入。