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应用型本科教育在层次上与普通本科教育相一致,但在类别上又属于应用型教育。如此特性,使应用型本科教育在课程设计的价值取向、课程目标的确定、课程内容的选择和组织、课程评价等方面陷入两难境地。而两难问题的存在,给应用型本科教育的发展带来了许多困扰,故两难问题应该是应用型本科教育当前迫切需要研究和解决的课题。