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细胞凋亡在维持淋巴细胞稳态及自身耐受中起重要作用。细胞凋亡受多种基因控制与调节，主要可通过外源性和内源性两条通路来触发。而凋亡功能的失常可诱发自身免疫病，如自身免疫淋巴增生综合症、Hashimoto甲状腺炎、Graves病、胰岛素依赖性糖尿病、多发性硬化等。另外凋亡细胞清除缺陷也会诱发自身免疫病。