规范院系设置、促进学科发展是我国研究型大学建设和发展过程中的重要问题。比较美国研究型大学和我国部分"985工程"高校的院系设置状况发现,与社会一流大学相比,在学院设置的数量、标准、类型和学科覆盖率等方面存在较大差异。我国大学学院设置的数量远远多于美国大学,在学院设置标准上,我国大学多数学院以一级学科为设置标准,美国研究型大学学院大多以学科门类或学科群为设置标准。在学院类型上,美国研究型大学学院"以纯粹的知识创造和生产、以知识的传播、以知识的应用和开发"3种类型特征明显,而我国研究型大学的学院设置体现出更明显的学科格局。在覆盖率上,美国研究型大学并不是学科齐全的大学,我国大学学院设置有贪大求全的现象。建议从规范学院设置、建立弹性化基层组织、建立超文本组织等方面调整我国研究型大学学院设置。